下面是一个数学操作命令： expr expression-evaluates a mathematical expression 3试一试应用expr命令 expr 3-8 set x 10 expr-3 $x Tcl最重要的方面之一是可以用方括号把Tcl命令嵌入其他命令。方括号括起来的表达式会自 动被方括号内表达式的值替换 [expr.]-represents the result of the expression inside the brackets 4新建一些命令，然后用方括号测试它们。例如： set result expr-3 $x puts Sresult 2.4 atomselecti命令 你可以用VMD的atomselecti命令来编辑原子属性。下面的例子会告诉你怎样操作。 1当确定晶体分子是顶层的分子后（如果不是，双击T)。用Graphics一Representations. 菜单打开Graphical Representations窗口。 PDBB-因子范围。PDB文件中“B”的范围通常储存晶体结构的“温 度因子”，在VMD中读入“Bta”范围。由于我们目前的重点不在 此，我们可以利用这个范围来存储我们自己的数字值。VMD有一个 “Beta”上色方法，它可以根据原子的B因子给它们上色。当用不 同的原子来替换B值，你就可以控制不同原子的颜色了。当你想要 展示通过计算得出来的系统属性时，这种方法就很有用了。但是这 种方法在VMD之外是不能应用的。 2在窗口顶部的Selected Molecule下拉菜单中选择“crystal'的分子，在atom selection中键入 protein。把Coloring Method设为Beta,把Drawing Method设为VDW.。分子大部分会显示 出红色和绿色小球的集合。 现在你将学到VMD中一个非常重要的Tc命令： atomselect molid selection-creates a new atom selection 对于atomselect,.首先要讲的是molecule ID(主窗口的最左边)，其次是文本原子选择，就下面是一个数学操作命令： expr expression –evaluates a mathematical expression 3 试一试应用expr命令 expr 3 - 8 set x 10 expr - 3 * $x Tcl最重要的方面之一是可以用方括号把Tcl命令嵌入其他命令。方括号括起来的表达式会自 动被方括号内表达式的值替换 [expr.] –represents the result of the expression inside the brackets 4 新建一些命令，然后用方括号测试它们。例如： set result [ expr -3 * $x ] puts $result 2．4 atomselect命令 你可以用VMD的atomselect命令来编辑原子属性。下面的例子会告诉你怎样操作。 1 当确定晶体分子是顶层的分子后（如果不是，双击T）。用Graphics —— Representations. 菜单打开Graphical Representations窗口。 2 在窗口顶部的Selected Molecule下拉菜单中选择“crystal”的分子，在atom selection中键入 protein。把Coloring Method 设为 Beta，把Drawing Method设为VDW.。分子大部分会显示 出红色和绿色小球的集合。 现在你将学到VMD中一个非常重要的Tcl命令： atomselect molid selection –creates a new atom selection 对于atomselect，首先要讲的是molecule ID（主窗口的最左边），其次是文本原子选择，就 PDB B-因子范围。PDB 文件中“B”的范围通常储存晶体结构的“温 度因子”，在 VMD 中读入“Beta”范围。由于我们目前的重点不在 此，我们可以利用这个范围来存储我们自己的数字值。VMD 有一个 “Beta”上色方法，它可以根据原子的 B 因子给它们上色。当用不 同的原子来替换 B 值，你就可以控制不同原子的颜色了。当你想要 展示通过计算得出来的系统属性时，这种方法就很有用了。但是这 种方法在 VMD 之外是不能应用的