这一章讨论的是解释DNA序列的方法,这些方法主要依赖于功能模式的检测,而不是与其它单 个序列的比较。这些方法中的绝大部分意在先寻找并遮蔽重复的和低复杂性的序列,再寻找 基因以及与其相关的调控区域。在针对单个序列的集中调查分析,以及为可能的基因、整个 基因组或相应较大区域建立初步清单的快速扫描过程中,这些方法都发挥了主要作用

背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]

如第二章所述,建立 GenBank是为了适应人类基应组工程等科学研究产生的大量序列数据的信 息爆炸。总的来说, GenBank是带有注释的公用DNA蛋白质序列的集合。写作本书时, GenBank中有160万条链的纪录,含超过10亿个核苷酸碱基。向GenBank存入新的序列有两种方 法:通过 Sequi nBankl和等工具直接提交,或通过国际核苷酸序列数据库的组成部分 GenBank,eml,和DDB等相互之间传递数据的共享协议

第一节 系统生物学基本概念 第二节 复杂网络及特征 第三节 系统生物学基本技术与方法 第四节 基因表达调控网络 第五节 代谢网络 第六节 信号转导途径 第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络 第八节 虚拟细胞 第九节 生物学网络的构建、分析与可视化

第一节 系统生物学基本概念 第二节 系统生物学基本技术与方法 第三节 先进的成像技术 第四节 基因表达调控网络（图7.11-12） 第五节 代谢网络 第六节 信号转导途径 第七节 蛋白质一蛋白质相互作用网络 第八节 虚拟细胞

第一节 系统生物学基本概念 第二节 系统生物学基本技术与方法 第三节 基因表达调控网络（图7.11-12） 第四节 代谢网络 第五节 信号转导途径 第六节 蛋白质一蛋白质相互作用网络 第七节 虚拟细胞 第八节 Cytoscape

第一节 基因组学概述 第二节 蛋白质编码基因的注释 第三节 RNA基因的注释 第四节 重复序列的注释 第五节 假基因的注释 第六节 案例分析：黄瓜基因组的注释

第一节 非编码RNA概述 第二节 非编码RNA的分类 第三节 MicroRNA 第四节 LnRNA 第五节 CircRNA 第六节 其它小分子RNA

第一节 分子进化与系统发育 第二节 分子系统发育树的构建方法 第三节 系统发育树构建及应用

第一节 蛋白质编码基因的注释 第二节 RNA基因的注释 第三节 重复序列的注释 第四节 假基因的注释 第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释