生物信息学 普通高等教育 “十二五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics 。年年 第四章:蛋白质结构分析
第四章:蛋白质结构分析 普通高等教育 “十二五”规划教材 生物信息学 Bioinformatics
第一节蛋白质结构组织层次 一、蛋白质的结构特征 (一)一级结构 蛋白质的一级结构(primary structure)是指多肽链 的氨基酸残基的排列顺序。 A链 S S Gly-Ile-Val-Glu-Gln-Cys-Cys-Ala-Ser-Val-Cys-Ser-Leu-Tyr-GIn-Leu-Glu-Asn-Tyr-Cys-Asn S S B链 S Phe-Val-Asn-GIn-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His-Leu-Val-Glu-Ala-Leu-Try-Leu-Val-Cys-Gly Glu Ala-Lys-Pro-Thr-Tyr-Phe-Phe-Gly-Arg 图4-1人胰岛素的一级结构
第一节 蛋白质结构组织层次 一、蛋白质的结构特征 (一)一级结构 蛋白质的一级结构(primary structure)是指多肽链 的氨基酸残基的排列顺序
(二)二级结构 蛋白质二级结构(secondary structure)是指多肽链 主链原子借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性 的结构构象,是多肽链局部的空间结构(构象)主 要有0螺旋、B折叠、B转角、无规卷曲等形式。 1、0螺旋 o螺旋(o-heliⅸ)是蛋白质中最常见、最典型、含 量最丰富的结构元件,是一种重复性结构。 0螺旋的结构特征
(二)二级结构 蛋白质二级结构(secondary structure)是指多肽链 主链原子借助于氢键沿一维方向排列成具有周期性 的结构构象,是多肽链局部的空间结构(构象)主 要有α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲等形式。 1、α螺旋 α螺旋( α -helix)是蛋白质中最常见、最典型、含 量最丰富的结构元件,是一种重复性结构。 α螺旋的结构特征
(三)超二级结构、结构域 超二级结构(supersecondary structure) 是指相邻的二级结 构单元组合在一起,彼此相互作用,排列形成规则的、在空 间结构上能够辨认的二级结构组合体,同时充当三级结构的 构件,基本形式有oo、BB、BoB等 。 (a) 图4-5 蛋白质的超二级结构 (a)aa;(b)3;(c)Ba3;(d)B-曲折;(e)回形拓扑结构
(三)超二级结构、结构域 超二级结构(supersecondary structure)是指相邻的二级结 构单元组合在一起,彼此相互作用,排列形成规则的、在空 间结构上能够辨认的二级结构组合体,同时充当三级结构的 构件,基本形式有α α、 β β、β α β等
结构域(domain) 是在超二级结构的基础上形成的 三级结构的局部折叠区,它是相对独立的紧密球状 实体,通常由50~300个氨基酸残基组成,其特点是 在三维空间可以明显区分和相对独立,并且具有一 定的生物功能。 (四)三级结构 三级结构(tertiary structure)是指整条多肽链的三 维结构,包括骨架和侧链在内的所有原子的空间排 列。 (五)四级结构 四级结构(quaternary structure)指在亚基和亚 基之间通过疏水作用等次级键结合成为有序排列的 特定的空间结构
结构域(domain)是在超二级结构的基础上形成的 三级结构的局部折叠区,它是相对独立的紧密球状 实体,通常由50~300个氨基酸残基组成,其特点是 在三维空间可以明显区分和相对独立,并且具有一 定的生物功能。 (四)三级结构 三级结构(tertiary structure)是指整条多肽链的三 维结构,包括骨架和侧链在内的所有原子的空间排 列。 (五)四级结构 四级结构(quaternary structure)指在亚基和亚 基之间通过疏水作用等次级键结合成为有序排列的 特定的空间结构
二、蛋白质结构分类系统 (一)SCOP分类数据库 蛋白质结构分类数据库SCOP(structure classification of proteins) 1、SC0P的层次 家族(family)、超家族(superfamily)、折叠 (fold)、结构类型(class) 2、SC0P的用途 (二)CATH蛋白质结构分类数据库
二、蛋白质结构分类系统 (一)SCOP分类数据库 蛋白质结构分类数据库SCOP(structure classification of proteins) 1、 SCOP的层次 家族(family)、超家族(superfamily)、折叠 (fold)、结构类型(class) 2、SCOP的用途 (二)CATH蛋白质结构分类数据库