浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 生物信息数据分析技能培训 第二天计算机基础技能培训 (一)lnux基础知识 主讲人:张钊
第二天 计算机基础技能培训 （一）linux基础知识 主讲人：张钊 生物信息数据分析技能培训
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 如何安装常用的生物信息学工具 认识iux→目录结构文件权限聊搜索路径 1下载 2解压→3安装 4配置 ·下载什么 打包与压 安装包格 ·设置路径 如何下载 缩 式 ·设置别名 命令学习 ·压缩包格 安装方式 ·设置权限 式 ·命令学习 命令学习 ·如何解压 ·命令学习 安装 tophat( RNA-seq中测序数据read比对工具) 安装 samtools(比对结果解析工具)
认识linux 目录结构 文件权限 搜索路径 如何安装常用的生物信息学工具 1 下载 • 下载什么 • 如何下载 • 命令学习 2 解压 • 打包与压 缩 • 压缩包格 式 • 如何解压 • 命令学习 3 安装 • 安装包格 式 • 安装方式 • 命令学习 4 配置 • 设置路径 • 设置别名 • 设置权限 • 命令学习 ➢ 安装tophat （RNA-seq中测序数据read比对工具） ➢ 安装samtools （比对结果解析工具）
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 操作系统分类 Solaris( SUN, CPU: Sparc AIX( IBM, CPU: PowerPC UNIX HP-UX FreeBSD/OpenBSD Windows 2003, 2008 服务器操作系统 RedHat Centos Linux debian ubunut opens Mac
操作系统分类
浙江省生物信息学学会 Ming Chen' a Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University Linux shell 各种应用程序 作系线最外,可刑应用程序的件邮 以标为se《台行和界面 sh 系统调用(接口) 操作系统用管调用褪件,包内 bash 内核 所说的“操作系续”也钰了应用程 v ksh 硬件 zsh v csh tcsh √其它 she航是一类软件,介于用户和操作系统之间,负责将用户 的命令解释为操作系统可以认识的低级语言,并将操作系统 响应的信息以用户可以解释的方式显示的软件。 ●想象成一个壳层,这个壳层的里面是操作系统内核软件,壳 层的外面是一些用户指令
Linux Shell ⚫ shell就是一类软件，介于用户和操作系统之间，负责将用户 的命令解释为操作系统可以认识的低级语言，并将操作系统 响应的信息以用户可以解释的方式显示的软件。 ⚫ 想象成一个 壳层，这个壳层的里面是操作系统内核软件，壳 层的外面是一些用户指令 ✓ sh ✓ bash ✓ ksh ✓ zsh ✓ csh ✓ tcsh ✓ 其它
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University Linux的目录结构 寺會用到的指 核心棉案( vmlinuz) 」令/ binbin是 binary的缩写。这个 grub 目录是对UNIX系统习惯的沿袭, 似 dev null devise等装置 存放着使用者最经常使用的命令。 init.d 例如:cp,ls,cat等。 h[g/boot这里存放的是启动 Linux时 lib modules 使用的一些核心文件。 ◆/ dev dev是 device(设备)的缩写。 XIIR6 这个目录下是所有 Linux的外部设 H include 第二方力軟體 备,其功能类似DOS下的.Sys和 include share Windows下的.vxd。在 Linux中设 备和文件是用同种方法访问的。 還能操作的系铳 local 例如:/dev/hda代表第一个物理 e cache e cron ⅠDE硬盘 s“ □ lib H mail share ☆/etc这个目录用来存放所有系统 核心·檔案系 管理所需要的配置文件和子目录。 tmt
Linux的目录结构 ❖/bin bin是binary的缩写。这个 目录是对UNIX系统习惯的沿袭， 存放着使用者最经常使用的命令。 例如：cp,ls,cat等。 ❖/boot 这里存放的是启动Linux时 使用的一些核心文件。 ❖/dev dev是device(设备)的缩写。 这个目录下是所有Linux的外部设 备，其功能类似DOS下的.sys和 Windows下的.vxd。在Linux中设 备和文件是用同种方法访问的。 例如:/dev/hda代表第一个物理 IDE硬盘 ❖/etc 这个目录用来存放所有系统 管理所需要的配置文件和子目录
~浙江省生物方学学会 ag Ches'a Group of Bioinformatic /home用户的主目录,比如说有个用户叫wang,那他的主目录就是/home/wang /1ib这个目录里存放着系统最基本的动态链接共享库,其作用类似于 Windows 里的.d11文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。 /mnt这个目录是空的,系统提供这个目录是让用户临时挂载别的文件系统。 /proc这个目录是一个虚拟的目录,它是系统内存的映射,我们可以通过直接 访问这个目录来获取系统信息。 ·/root系统管理员,超级权限者的用户主目录。 / sbin s就是 Super user的意思,也就是说这里存放的是一些系统管理员使用 的系统管理程序。 /tm用来存放一些临时文件的地方。 /usr这是个最庞大的目录,我们要用到的很多应用程序和文件几乎都存放在 这个目录下 /var这个目录中存放着经常变动的文件,为了保持/usr的相对稳定,那些经 常被修改的目录可以放在这个目录下。系统的日志文件就在/var/log目录中
• /home 用户的主目录，比如说有个用户叫wang，那他的主目录就是/home/wang • /lib 这个目录里存放着系统最基本的动态链接共享库，其作用类似于Windows 里的.dll文件。几乎所有的应用程序都需要用到这些共享库。 • /mnt 这个目录是空的，系统提供这个目录是让用户临时挂载别的文件系统。 • /proc 这个目录是一个虚拟的目录，它是系统内存的映射，我们可以通过直接 访问这个目录来获取系统信息。 • /root 系统管理员，超级权限者的用户主目录。 • /sbin s就是Super User的意思，也就是说这里存放的是一些系统管理员使用 的系统管理程序。 • /tmp用来存放一些临时文件的地方。 • /usr 这是个最庞大的目录，我们要用到的很多应用程序和文件几乎都存放在 这个目录下。 • /var 这个目录中存放着经常变动的文件，为了保持/usr的相对稳定，那些经 常被修改的目录可以放在这个目录下。系统的日志文件就在/var/log目录中
浙江省生物信息学学会 Ming Chen' a Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 文件名与文件类型 文件名是一个文件的标识。 Linux系统中的文件名的命名规则与 Windows系统基本相同。它同样是由字母、数字、下划线、圆点等组 成,最长不能超过255个字符。在 Linux系统中,没有像 Windows系统 那样明显的扩展名,但它对字母大小写是严格区分的。 Linux有四种基本文件系统类型: (1)普通文件:如文本文件、C语言源代码、 Shell脚本、二进制的可执行文件等。 (2)目录文件:包括文件名、子目录名及其指针。它是 Linux储存文件名的惟一地方。 (3)链接文件:它是一个文件的第二个名字,这是针对多用户共享同一文件而产生的 文件。 (4)特殊文件: Linux的一些设备如磁盘、终端、打印机等都在文件系统中表示出来, 这一类文件就是特殊文件,常放在/dev目录内
文件名与文件类型 • 文件名是一个文件的标识。Linux系统中的文件名的命名规则与 Windows系统基本相同。它同样是由字母、数字、下划线、圆点等组 成，最长不能超过255个字符。在Linux系统中，没有像Windows系统 那样明显的扩展名，但它对字母大小写是严格区分的。 • Linux有四种基本文件系统类型： (1) 普通文件：如文本文件、C语言源代码、Shell脚本、二进制的可执行文件等。 (2) 目录文件：包括文件名、子目录名及其指针。它是Linux储存文件名的惟一地方。 (3) 链接文件：它是一个文件的第二个名字，这是针对多用户共享同一文件而产生的 文件。 (4) 特殊文件：Linux的一些设备如磁盘、终端、打印机等都在文件系统中表示出来， 这一类文件就是特殊文件，常放在/dev目录内
浙江省生物信息学学会 Ming Chen' a Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 文件和目录权限 ■权限组成 共9位,每3位为一组共3组 各组依次代表文件所有者、同组用户和其他用户对该文件的权限。 每组的3位依次代表读、写、执行权限 每一组都是rwx三个符号与“-”符号的组合 r:读权限w:写权限x:执行权限一:禁止 TWXI-XI rwX r-xr 1组:大件所有者 2组:同组用户 3组:其他用户
文件和目录权限 rwxr-xr-- rwx r-x r-- 1组：文件所有者 2组：同组用户 3组：其他用户 ◼ 权限组成 • 共9位，每3位为一组 共3组 • 各组依次代表文件所有者、同组用户和其他用户对该文件的权限。 • 每组的3位依次代表读、写、执行权限。 • 每一组都是rwx三个符号与“-”符号的组合 r:读权限 w:写权限 x:执行权限 －:禁止
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 权限组成 ■八进制表示: 4 X: 0 TWX 7 4+2+1 读、写、执行 rw 6 4+2+0 读、写 T-X 5 4+1 读 执行 4+0+0 只读 3 2+1 写、执行 W- 2 0+2+0 只写 0 0+0+0 禁止读、写、执行
权限组成 ◼ 八进制表示： r：4 w：2 x：1 -：0 rwx 7 4+2+1 读、写、执行 rw- 6 4+2+0 读、写 r-x 5 4+1 读、执行 r-- 4 4+0+0 只读 -wx 3 2+1 写、执行 -w- 2 0+2+0 只写 --- 0 0+0+0 禁止读、写、执行
浙江省生物信息学学会 Ming Chen'4 Group of Bioinformatics Bioinformatics Society of Zhejiang Province College of Life Sciences, Zhejiang University 认识你的机器 查看系统的版本和处理器架构 uname-a 查看内存大小free-m 查看硬盘空间df-h 查看cpu信息les/proc/ cpuinfo
认识你的机器 • 查看系统的版本和处理器架构uname -a • 查看内存大小 free -m • 查看硬盘空间 df –h • 查看cpu信息less /proc/cpuinfo
