页码,1/ 生物信息学(中译本) 目录 译者序 编者序 1.因特网与生物学家 1.1因特网基础 1.2与因特网连接 1.3电子邮件 1.4文件传输协议 1.6万维网 参考文献 2. Gen Bank序列数据库 2.1简介 2.2一级和二级数据库 23格式与内容:计算机与人 2.4数据库 2.5剖析 Gen Bank F| atfile 2.6小结 参考文献 附录:数据库文件格式 附录2.1 GenBank(DDBS)记录例子 附录22一个ASN.1记录例子 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅ Ⳃᔩ 䆥㗙ᑣ 㓪㗙ᑣ 1. ⡍㔥Ϣ⫳⠽ᄺᆊ 1.1⡍㔥⸔ 1.2 Ϣ⡍㔥䖲 1.3 ⬉ᄤ䚂ӊ 1.4 ᭛ӊӴ䕧ण䆂 1.5 GOPHER 1.6 ϛ㓈㔥 খ㗗᭛⤂ 2. GenBankᑣ᭄߫ᑧ 2.1 ㅔҟ 2.2 ϔ㑻Ѡ㑻᭄ᑧ 2.3 ḐᓣϢݙᆍ˖䅵ㅫᴎϢҎ 2.4 ᭄ᑧ 2.5 ࠪᵤGenBank Flatfile 2.6 ᇣ㒧 খ㗗᭛⤂ 䰘ᔩ˖᭄ᑧ᭛ӊḐᓣ 䰘ᔩ2.1 GenBank ( DDBS)䆄ᔩ՟ᄤ 䰘ᔩ2.2 ϔϾASN.1䆄ᔩ՟ᄤ Ⳃᔩ 义ⷕˈ1/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
页码,2/ 附录2.3一个EMBL记录例子 附录2.4一个 Gen Bank浏览文件 3.结构数据库 3.1简介 3_2PDB: Brookhaven国家实验室蛋白质数据库 33MDB:NCB的分子建模数据库 3.4结构文件格式 3.5结构信息显示 3.6数据库结构浏览器 参考文献 专题论文 4.应用GCG进行序列分析 4.1简介 4.2 Wi consin软件包 4.3 Wi consin使用的数据库 4.4 Sealab环境 4.5用操作和 Wi sconsi n程序分析序列 4.6观察输出 4_7监视程序执行过程并解决问题 4.8给序列加注释并在 SeaLab Edi tor中图形化显示注释 4.9在 SeaLab Edi tor中保存序列 4.10在 Sealab中可以实现的分析实例 411引入非 Wi consin组件的程序扩展 SeaLab 参考文献 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
䰘ᔩ2.3 ϔϾEMBL䆄ᔩ՟ᄤ 䰘ᔩ2.4 ϔϾGenBank⌣㾜᭛ӊ 3. 㒧ᵘ᭄ᑧ 3.1 ㅔҟ 3.2 PDB˖Brookhavenᆊᅲ偠ᅸ㲟ⱑ䋼᭄ᑧ 3.3 MMDB˖NCBIⱘߚᄤᓎ᭄ᑧ 3.4 㒧ᵘ᭛ӊḐᓣ 3.5 㒧ᵘֵᙃᰒ⼎ 3.6 ᭄ᑧ㒧ᵘ⌣㾜఼ খ㗗᭛⤂ ϧ乬䆎᭛ 4. ᑨ⫼GCG䖯㸠ᑣ߫ߚᵤ 4.1 ㅔҟ 4.2 Wisconsin䕃ӊࣙ 4.3 WisconsinՓ⫼ⱘ᭄ᑧ 4.4 SeqLab⦃๗ 4.5 ⫼᪡Wisconsinᑣߚᵤᑣ߫ 4.6 㾖ᆳ䕧ߎ 4.7 ⲥ㾚ᑣᠻ㸠䖛ᑊ㾷އ䯂乬 4.8 㒭ᑣ߫ࡴ⊼䞞ᑊSeqLab EditorЁᔶ࣪ᰒ⼎⊼䞞 4.9 SeqLab EditorЁֱᄬᑣ߫ 4.10 SeqLabЁৃҹᅲ⦄ⱘߚᵤᅲ՟ 4.11 ᓩܹ䴲Wisconsin㒘ӊⱘᑣᠽሩSeqLab খ㗗᭛⤂ Ⳃᔩ 义ⷕˈ2/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
页码,3/ 附录 5.生物数据库的信息检索 5.1检索数据库条目:检索服务器( Retri eve服务器) 5.2集成信息检索: ENTREZ系统 5.3集成的信息访问:查询服务器 5.4NCB|之外的序列数据库 5.5医学数据库 参考文献 6.NCB数据模型 6.1简介 6.2出版物 6.3SE0|DS:名称中包含了什么? 64B|0SEO:生物序列 6.5B|0 SEOSETS:序列集合 6.6Seq-anot:序列的注释属性 6.7SEQ- DESCR:序列的描述 6.8模型的使甩 69结论 参考文献 7.序列比对和数据库搜索 7.1引言 72序列比对的进化基础 7.3蛋白质的模块性质 7.4最佳比对方法 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
䰘ᔩ 5. ⫳⠽᭄ᑧⱘֵᙃẔ㋶ 5.1 Ẕ㋶᭄ᑧᴵⳂ˖Ẕ㋶᳡ࡵ)఼Retrieve ᳡ࡵ(఼ 5.2 䲚៤ֵᙃẔ㋶˖ENTREZ㋏㒳 5.3 䲚៤ⱘֵᙃ䆓䯂˖ᶹ䆶᳡ࡵ఼ 5.4 NCBIПⱘᑣ᭄߫ᑧ 5.5 एᄺ᭄ᑧ খ㗗᭛⤂ 6. NCBI᭄ൟ 6.1 ㅔҟ 6.2 ߎ⠜⠽ 6.3 SEQIDS˖ৡ⿄ЁࣙњҔМ˛ 6.4 BIOSEQ˖⫳⠽ᑣ߫ 6.5 BIOSEQSETS˖ᑣ߫䲚ড় 6.6 Seq-annot:ᑣ߫ⱘ⊼䞞ሲᗻ 6.7 SEQ- DESCR: ᑣ߫ⱘᦣ䗄 6.8 ൟⱘՓ⫼ 6.9 㒧䆎 খ㗗᭛⤂ 7. ᑣ߫↨ᇍ᭄ᑧ᧰㋶ 7.1 ᓩ㿔 7.2 ᑣ߫↨ᇍⱘ䖯࣪⸔ 7.3 㲟ⱑ䋼ⱘഫᗻ䋼 7.4 ᳔Շ↨ᇍᮍ⊩ Ⳃᔩ 义ⷕˈ3/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
页 码,4/6 7.5取代分和空位处罚 7.6比对的统计学显著性 77数据库中的相似性搜索 7. 8 FASTA 7.9 BLAST 7.10低复杂度区域 7.11重复元件 7.12小结 参考文献 8.多序列比对的实际应用 8.1渐进比对方法 82模体和样式 8.3演示方法 参考文献 9.系统发育分析 9.1系统发育模型的组成 9.2系统发育数据分析:比对,建立取代模型,建立进化树以及进化树 9.3建立数据模型(比对) 94决定取代模型 95建树方法 9.6进化树搜索 97确定树根 9.8评估进化树和数据 9.9系统发育软件 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
7.5 পҷߚぎԡ໘㔮 7.6 ↨ᇍⱘ㒳䅵ᄺᰒ㨫ᗻ 7.7᭄ᑧЁⱘⳌԐᗻ᧰㋶ 7.8 FASTA 7.9 BLAST 7.10 Ԣᴖᑺऎඳ 7.11 䞡ܗӊ 7.12ᇣ㒧 খ㗗᭛⤂ 8. ᑣ߫↨ᇍⱘᅲ䰙ᑨ⫼ 8.1 ⏤䖯↨ᇍᮍ⊩ 8.2 ԧḋᓣ 8.3 ⓨ⼎ᮍ⊩ খ㗗᭛⤂ 9. ㋏㒳থ㚆ߚᵤ 9.1 ㋏㒳থ㚆ൟⱘ㒘៤ 9.2㋏㒳থ㚆᭄ߚᵤ˖↨ᇍˈᓎゟপҷൟˈᓎゟ䖯࣪ᷥҹঞ䖯࣪ᷥ 䆘Ԅ 9.3 ᓎゟ᭄ൟ˄↨ᇍ˅ 9.4 އᅮপҷൟ 9.5 ᓎᷥᮍ⊩ 9.6 䖯࣪᧰ᷥ㋶ 9.7 ⹂ᅮᷥḍ 9.8 䆘Ԅ䖯᭄࣪ᷥ 9.9 ㋏㒳থ㚆䕃ӊ Ⳃᔩ 义ⷕˈ4/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
页码,5 9.10一些简单的实际的考虑 9.11第九章所涉及到的因特网资源: 致谢 参考文献 10.利用核酸序列的预测方法 10.1框架 10.2遮蔽重复序列 103数据库搜索 10.4密码子偏好的检测 10.5探查DNA中的功能性位点 10.6复合的基因语法分析 10.7搜寻tRNA基因 10.8未来的展望 参考文献 11.利用蛋白质序列的预测方法 11.1基于组成的蛋白质辨识 11.2基于序列的物理性质 11.3二级结构和折叠类 11.4特殊结构或结构特征 11.5三级结构 参考文献 12鼠类和人类公用物理图谱数据库的使甩 12.1物理图谱的类型 12.2大型公用数据库中的基因组范围图谱 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
9.10 ϔѯㅔऩⱘᅲ䰙ⱘ㗗㰥 9.11 бゴ᠔⍝ঞࠄⱘ⡍㔥䌘⑤˖ 㟈䇶 খ㗗᭛⤂ 10.߽⫼Ḍ䝌ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ⊩ 10.1 Ḛᶊ 10.2 䙂㬑䞡ᑣ߫ 10.3 ᭄ᑧ᧰㋶ 10.4 ᆚⷕᄤأདⱘẔ⌟ 10.5 ᶹDNAЁⱘࡳ㛑ᗻԡ⚍ 10.6 ড়ⱘ䇁⊩ߚᵤ 10.7 ᧰ᇏtRNA 10.8 ᴹⱘሩᳯ খ㗗᭛⤂ 11. ߽⫼㲟ⱑ䋼ᑣ߫ⱘ乘⌟ᮍ⊩ 11.1 Ѣ㒘៤ⱘ㲟ⱑ䋼䕼䆚 11.2 Ѣᑣ߫ⱘ⠽⧚ᗻ䋼 11.3 Ѡ㑻㒧ᵘᡬ㉏ 11.4 ⡍⅞㒧ᵘ㒧ᵘ⡍ᕕ 11.5 ϝ㑻㒧ᵘ খ㗗᭛⤂ 12.哴㉏Ҏ㉏݀⫼⠽⧚䈅᭄ᑧⱘՓ⫼ 12.1 ⠽⧚䈅ⱘ㉏ൟ 12.2 ൟ݀⫼᭄ᑧЁⱘ㒘㣗ೈ䈅 Ⳃᔩ 义ⷕˈ5/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
页码,6/ 12.3个体来源的基因组范围图谱 12.4_特定人类染色体图谱 12.5鼠类图谱来源 参考文献 13. ACEDB一个基因组信息的数据库 13.1 ACEDB的一般特点 13.2 ACEDB中的序列分析 13.3多种分析功能 14提交DMA序列到数据库 14.1提交到哪儿? 14.2提交什么内容? 14.3如何提交到互联网 144如何用 Sequin提交 14.5 EST/STS/GSS 14.6基因组中心 14.7更新 14.8结论性的评价 参考文献 附录1词汇表 fi|e://E:Wwcb生物信息学(中译本)\目录.htm 2005-1-18
12.3 Ͼԧᴹ⑤ⱘ㒘㣗ೈ䈅 12.4 ⡍ᅮҎ㉏ᶧ㡆ԧ䈅 12.5 哴㉏䈅ᴹ⑤ খ㗗᭛⤂ 13.ACEDBϔϾ㒘ֵᙃⱘ᭄ᑧ 13.1 ACEDBⱘϔ㠀⡍⚍ 13.2 ACEDBЁⱘᑣ߫ߚᵤ 13.3 ⾡ߚᵤࡳ㛑 14.ᦤѸDNAᑣ߫ࠄ᭄ᑧ 14.1 ᦤѸࠄાܓ˛ 14.2 ᦤѸҔМݙᆍ˛ 14.3 བԩᦤѸࠄѦ㘨㔥 14.4 བԩ⫼SequinᦤѸ 14.5 EST/STS/GSS 14.6 㒘Ёᖗ 14.7 ᮄ 14.8 㒧䆎ᗻⱘ䆘Ӌ খ㗗᭛⤂ 䰘ᔩ1 䆡∛㸼 Ⳃᔩ 义ⷕˈ6/6 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?Ⳃᔩ.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com
