刘玉婷,等.肠道菌群的检测方法及研究进展 ■名词斛释 肝炎肝硬化患者肠道菌群结构发生改变,为肝 240-244e1[PMID:20400104DOI:10.1016/ 以环境样品中的硬化患者的微生态治疗提供理论依据.虽然 4 Macfarlane S, Furrie E, Cummings JH, Macfarlane 微生物群体基因宏基因测序使大量的新的微生物种群和新的 GT Chemotaxonomic analysis of bacterial 以功能基因筛选基因得以发现,但无法完成某一菌体的具体数 populations colonizing the rectal mucosa in patients with ulcerative colitis. Clin Infect Di 和测序分析为研量.还有学者提出宏基因组学与代谢组学的联 2004;38:1690-1699[PMID:15227614DOI 物多样种群合应用可以为疾病发生机制的探讨提供理论5 da l galhenage s, Yu l Kurtovic L riorda 系、功能活性、 依据,也可以通过检测肠道菌群及其代谢产物 SM. Gut flora and bacterial translocation in 相互协作关系及来评价药物、食物等对人体的功效 chronic liver disease. World/ Gastroenterol 2006, 与环境之间的关 121493-1502[PMID1657039DO:10.3748/wg 为研究目的的 v12i10.1493 新的微生物研究5结论 Zhao HY, Wang HJ, Lu Z, Xu SZ. Intestinal 就目前现状看,肠道菌群的检测方法研究已经 microflora in patients with liver cirrhosis. Chin Dig Dis2004;5:6467[PMID:15612659DOl: 发展到相当高的水平,传统细菌培养法已经不 573.200400157x] 能满足人们对菌群的认识.分子生物学技术的 ocale C, Rimoldi SG, Pagani C, Grande R, Edna F, Arghittu M, Lunghi G, Maraschini A, Gismondo 开展,为研究者们提供了一个新的视角.然而 IR, Landini MP, Torresani E, Topin F, Sambri V. 随着科学的发展,人类也逐渐不仅仅满足于从 Comparative evaluation of the new xTAG GPP 定性和定量的角度去分析肠道菌群的变化,而 multiplex assay in the laboratory diagnosis of acute gastroenteritis. Clinical assessment and potential 且分子生物技术过程繁琐复杂,结果相对不 application from a multicentre Italian study. Int 精确,覆盖物种有限的缺点也越来越不能满足 Infect Dis2015;34:3337PMD:25749649DOL 101016/jjid201502011 科学的严谨性.测序技术能直接对PCR扩增的8马素霞,李小丽,郑晓燕PCR法与细菌培养法在急 6SDNA片段进行测序,全面、平行分析多个 性腹泻患者沙门氏菌检测中的应用比较.中国病原 主物学杂志2008:3:735-737 样本中的微生物群落信息,使大规模菌群多样 炀,刘作义分子生物学技术对肠道菌群检测分析 性研究成为可能,为认识肠道菌群打开了一扇 的研究现状中国微生态学杂志200921:285-287 大门.近几年来,国外学者采用测序技术研 Tiveljung A, Soderholm JD, Olaison G, Jonasson J, Monstein H]. Presence of eubacteria in biopsies 究肠道菌群的多样性及与疾病的关系.目前 from Crohns disease inflammatory lesions as 粪便菌群移植( (fecal microbiota transplantation, Microbiol199948:263-268PMD:10334593DOL FMT)在很多消化道疾病的治疗上取得了一定 10.1099/0022615-48-3-263 的进步,已有不少研究者采用分子生物学技术 11赵洁,马晨,席晓敏.实时荧光定量PCR技术在肠道 生物领域中的研究进展.生物技术通报2014;12: 研究FMT后患者粪便菌群的变化.FMT也逐渐 61-66 成为研究的热点,但是对于其具体的作用机制12程悦左浩江度虹瑜肠道常见群光定量CR 尚不清楚,能否通过测序技术明确具体的功能13郭世奎,包维民,龚昆梅 SYBR Green ia时荧光定 菌群,提高移植的安全性,尚有待研究.从发 量PCR法分析结直肠癌患者肠道菌群变化中国普 外基础与临床杂志201017:463-46 展趋势来看,将不同的研究技术相互结合来研 14 Castillo M, Martin-Orue SM, Manzanilla eg, 究肠道菌群,将这有助于我们更进一步了解胃 Badiola I, Martin M, Gasa J. Quantification of 肠道微生态系统,为临床治疗提供新的思路和 total bacteria, enterobacteria and lactobacilli populations in pig digesta by real-time PCR. Vet 方法 Microbiol2006;114:165-170[PMID:16384658DOL 10.1016/ j. vetmic2005.11055 6参考文献 15 LiY, Wu H, Deng Y, Liao R, Xi L Yao P [Changes ey RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecole in Rats with Severe Acute Pancreatitis]. Shengwu evolutionary forces shaping microbial diver Yixue Gongchengrue Zazhi 2015; 32: 412-417 [PMID: the human intestine. Cell 2006: 124: 837-848 6211263 16 Kim SE, Choi SC, Park Ks, Park MI, Shin JE, Lee 2 Sha S, Xu B, Wang X, Zhang Y, Wang H, Kong TH, Jung Kw, Koo HS, Myung S]. Change of Zhu H, Wu K The biodiversity and composition Fecal Flora and Effectiveness of the short-term of the dominant fecal microbiota in patients with VSL# 3 Probiotic Treatment in Patients with inflammatory bowel disease. Diagn Microbiol Functional Constipation. Neuroga Infect Dis2013;75:245-251[PMD:23276768DO: 2015:21:111-120[PMD:25537674DO10.5056/ 10.1016/i-diagmicrobio 2012. 11.022 jnm14048 hwiertz A, Jacobi M, Frick JS, Richter M, 17 Lupski jR, Weinstock GM. Short, interspersed Rusch K, Kohler H. Microbiota in pediatric inflammatory bowel disease. I Pediatr 2010: 157 genomes. Bacterio! 1992; 174: 4525-4529 [PMID . 5Aishideng 2016-07-18 Volume 24 I Issue 20 I刘玉婷, 等. 肠道菌群的检测方法及研究进展 WCJD|www.wjgnet.com 3146 2016-07-18|Volume 24|Issue 20| ■名词解释 宏基因组: 一种 以环境样品中的 微生物群体基因 组 为 研 究 对 象 , 以功能基因筛选 和测序分析为研 究手段, 以微生 物多样性、种群 结 构 、 进 化 关 系、功能活性、 相互协作关系及 与环境之间的关 系为研究目的的 新的微生物研究 方法. 肝炎肝硬化患者肠道菌群结构发生改变, 为肝 硬化患者的微生态治疗提供理论依据[46] . 虽然 宏基因测序使大量的新的微生物种群和新的 基因得以发现, 但无法完成某一菌体的具体数 量. 还有学者提出宏基因组学与代谢组学的联 合应用可以为疾病发生机制的探讨提供理论 依据, 也可以通过检测肠道菌群及其代谢产物 来评价药物、食物等对人体的功效[47] . 5 结论 就目前现状看, 肠道菌群的检测方法研究已经 发展到相当高的水平, 传统细菌培养法已经不 能满足人们对菌群的认识. 分子生物学技术的 开展, 为研究者们提供了一个新的视角. 然而 随着科学的发展, 人类也逐渐不仅仅满足于从 定性和定量的角度去分析肠道菌群的变化, 而 且分子生物技术过程繁琐复杂, 结果相对不 精确, 覆盖物种有限的缺点也越来越不能满足 科学的严谨性. 测序技术能直接对PCR扩增的 16S rDNA片段进行测序, 全面、平行分析多个 样本中的微生物群落信息, 使大规模菌群多样 性研究成为可能, 为认识肠道菌群打开了一扇 大门[48] . 近几年来, 国外学者采用测序技术研 究肠道菌群的多样性及与疾病的关系[49] . 目前 粪便菌群移植(fecal microbiota transplantation, FMT)在很多消化道疾病的治疗上取得了一定 的进步, 已有不少研究者采用分子生物学技术 研究FMT后患者粪便菌群的变化. FMT也逐渐 成为研究的热点, 但是对于其具体的作用机制 尚不清楚, 能否通过测序技术明确具体的功能 菌群, 提高移植的安全性, 尚有待研究[50] . 从发 展趋势来看, 将不同的研究技术相互结合来研 究肠道菌群, 将这有助于我们更进一步了解胃 肠道微生态系统, 为临床治疗提供新的思路和 方法. 6 参考文献 1 Ley RE, Peterson DA, Gordon JI. Ecological and evolutionary forces shaping microbial diversity in the human intestine. Cell 2006; 124: 837-848 [PMID: 16497592] 2 Sha S, Xu B, Wang X, Zhang Y, Wang H, Kong X, Zhu H, Wu K. The biodiversity and composition of the dominant fecal microbiota in patients with inflammatory bowel disease. Diagn Microbiol Infect Dis 2013; 75: 245-251 [PMID: 23276768 DOI: 10.1016/j.diagmicrobio.2012.11.022] 3 Schwiertz A, Jacobi M, Frick JS, Richter M, Rusch K, Köhler H. Microbiota in pediatric inflammatory bowel disease. J Pediatr 2010; 157: 240-244.e1 [PMID: 20400104 DOI: 10.1016/ j.jpeds.2010.02.046] 4 Macfarlane S, Furrie E, Cummings JH, Macfarlane GT. Chemotaxonomic analysis of bacterial populations colonizing the rectal mucosa in patients with ulcerative colitis. Clin Infect Dis 2004; 38: 1690-1699 [PMID: 15227614 DOI: 10.1086/420823] 5 Almeida J, Galhenage S, Yu J, Kurtovic J, Riordan SM. Gut flora and bacterial translocation in chronic liver disease. World J Gastroenterol 2006; 12: 1493-1502 [PMID: 16570339 DOI: 10.3748/wjg. v12.i10.1493] 6 Zhao HY, Wang HJ, Lu Z, Xu SZ. Intestinal microflora in patients with liver cirrhosis. Chin J Dig Dis 2004; 5: 64-67 [PMID: 15612659 DOI: 10.1111/j.1443-9573.2004.00157.x] 7 Vocale C, Rimoldi SG, Pagani C, Grande R, Pedna F, Arghittu M, Lunghi G, Maraschini A, Gismondo MR, Landini MP, Torresani E, Topin F, Sambri V. Comparative evaluation of the new xTAG GPP multiplex assay in the laboratory diagnosis of acute gastroenteritis. Clinical assessment and potential application from a multicentre Italian study. Int J Infect Dis 2015; 34: 33-37 [PMID: 25749649 DOI: 10.1016/j.ijid.2015.02.011] 8 马素霞, 李小丽, 郑晓燕. PCR法与细菌培养法在急 性腹泻患者沙门氏菌检测中的应用比较. 中国病原 生物学杂志 2008; 3: 735-737 9 廖炀, 刘作义. 分子生物学技术对肠道菌群检测分析 的研究现状. 中国微生态学杂志 2009; 21: 285-287 10 Tiveljung A, Söderholm JD, Olaison G, Jonasson J, Monstein HJ. Presence of eubacteria in biopsies from Crohn's disease inflammatory lesions as determined by 16S rRNA gene-based PCR. J Med Microbiol 1999; 48: 263-268 [PMID: 10334593 DOI: 10.1099/00222615-48-3-263] 11 赵洁, 马晨, 席晓敏. 实时荧光定量PCR技术在肠道 微生物领域中的研究进展. 生物技术通报 2014; 12: 61-66 12 程悦, 左浩江, 廖虹瑜. 肠道常见菌群荧光定量PCR 检测方法的建立. 现代预防医学 2014; 41: 4338-4341 13 郭世奎, 包维民, 龚昆梅. SYBR Green I实时荧光定 量PCR法分析结直肠癌患者肠道菌群变化. 中国普 外基础与临床杂志 2010; 17: 463-46 14 Castillo M, Martín-Orúe SM, Manzanilla EG, Badiola I, Martín M, Gasa J. Quantification of total bacteria, enterobacteria and lactobacilli populations in pig digesta by real-time PCR. Vet Microbiol 2006; 114: 165-170 [PMID: 16384658 DOI: 10.1016/j.vetmic.2005.11.055] 15 Li Y, Wu H, Deng Y, Liao R, Xi L, Yao P. 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