第一节 生物学数据库简介 第二节 生物学数据库的数据存储格式 第三节 生物学数据库的检索

一、什么是生物信息学 二、生物信息学的发展 三、重要的生物信息学站点

⚫ 序列的相似性 ⚫ 二重序列比对 ⚫ 多重序列比对 ⚫ DNA片断组装 第一节 序列的相似性 ⚫ 字母表和序列 ⚫ 编辑距离 ⚫ 矩阵作图法 ⚫ 序列的两两比对 ⚫ 打分矩阵 第二节 二重序列比对基本算法

背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]

如第二章所述,建立 GenBank是为了适应人类基应组工程等科学研究产生的大量序列数据的信 息爆炸。总的来说, GenBank是带有注释的公用DNA蛋白质序列的集合。写作本书时, GenBank中有160万条链的纪录,含超过10亿个核苷酸碱基。向GenBank存入新的序列有两种方 法:通过 Sequi nBankl和等工具直接提交,或通过国际核苷酸序列数据库的组成部分 GenBank,eml,和DDB等相互之间传递数据的共享协议

一、主站网 二、网址 : http: //wwwcnki.net或 http: / /wwwchinajournal.net.cn ( )中国学术期刊网) 三、我校使用镜像站点: 四、网址 : http: / /www.sh.cnki.net/

网址 : http: //search. china. epnet. com 目前在我校校园网开通试用的11个数据库: 1.3学术期刊全文数据库(ASE、ASP)

1. WinSpirs简介 2.Medline数据库介绍 3.数据库的组成结构 4. WinSpirs检索界面 5.检索方法与技巧 6.检索练习

超星数字图书馆主站网简介 1993年北京世纪超星信息技术发展有限公司成立,致力于纸 张图文资料数字化技术及相关应用与推广,是国内最重要的集 ISP与ICP于一身的数字化信息中心。 2000年1月超星数字图书馆在互联网上正式开通; 网址 : http: //www.ssreader.com.cn/ 国家“863”计划中国数字图书馆示范工程 由广东省立中山图书馆,浙江图书馆,解放军医学图书馆

生物信息学现状和重要研究方向 1.1什么是生物信息学? Genome informatics is a scientific discipline that encompasses all aspects of genome information acquisition, processing, storage, distribution, analysis, and interpretation. 它是一个学科领域,包含着基因组信息的获取、处 理、存储、分配、分析和解释的所有方面