第一节 序列比对相关概念 第二节 序列比对打分方法 第三节 序列比对算法 第四节 序列比对工具 第五节 多序列比对 思考题

第一节 统计学习与推理基础 第二节 统计模型与参数推断 第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别 第四节 贝叶斯推理 第五节 隐马尔可夫模型 第六节 动态神经网络 第七节 深度学习 第八节 支持向量机 第九节 MATLAB的应用实例

第一节 蛋白质组学概述 第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术 第三节 蛋白质的翻译后修饰 第四节 蛋白质分选 第五节 蛋白质相互作用

第一节 基因组学概述 第二节 蛋白质编码基因的注释 第三节 RNA基因的注释 第四节 重复序列的注释 第五节 假基因的注释 第六节 案例分析：黄瓜基因组的注释

第一节 序列比对相关概念 第二节 序列比对打分方法 第三节 序列比对算法 第四节 序列比对工具 第五节 多序列比对

6.3.3 蛋白质三级结构：如何获取 6.3.4 蛋白质三级结构：计算方法获取 6.3.5 三级结构的比对 6.3.6 蛋白质分子表面性质

主要介绍DNA和蛋白质序列分析的基本内容。包括核酸序列检索、核酸序列的基本分析（碱基组份、限制性酶切分析、重复序列分析），基因结构分析、表达标签序列分析的基本方法和软件。蛋白质序列基本分析、检索、跨膜区分析、蛋白质亚细胞定位、功能预测等内容

介绍了序列相似性的概念，列举了描述DNA和蛋白质序列相似性的计分矩阵。介绍了序列比较的基本操作—“比对”的概念，以双序列比对为例详细学习了序列整体比对的Needleman-Wunsch算法，序列局部比对的Smith￾Waterman算法。介绍了多序列比对的概念，简要介绍了几种多序列比对的算法，学习了一个常用的多序列比对软件—ClustalW的使用和用途

介绍了分子系统发生分析的基本内容，几种分子进化模型。重点学习分子系统树的构建方法，最后介绍分子系统发生树的分析软件

一、碱基组成 DNA序列一个显而易见的特征是 四种碱基类型的分布。几乎所有的 研究都证明碱基是以不同频率分布 的