3.1 Compositional bias in biological sequences 3.2 Alignment of pairs of sequences

2.1 为什么需要生物数据库？ 2.2 生物数据库的分类 2.3 文献数据库PubMed 2.4 一级核酸数据库 2.5 二级核酸数据库

山东大学：《生物信息学》课程教学资源（PPT课件讲稿）蛋白质三维结构预测（主讲：魏天迪）

目录 译者序 编者序 1.因特网与生物学家 1.1因特网基础 1.2与因特网连接 1.3电子邮件 1.4文件传输协议 1. 5 GOPHER

Ø 中枢神经元的联络方式 Ø 神经元的电活动 Ø 神经信号的突触传递机制 Ø 神经递质与受体 Ø 脑电活动

几年前,几张已经制成的人类基因组图谱还只是在小面积上的低分辨率图。生物医学研究者 如果希望定位和克隆一个致病基因,总的说来就不得不对目的区域制图,而这是一个费时费 力的过程。这种情况在近几年发生了巨大的变化。现在已经有了高质量的人类基因组基因图 谱,它以单一序列重复多态性( Murray et al..1994: Dib et al.,1996)为基础,提供分 辨率达1-5b的图谱信息

6.1 同源物来自同一祖先 6.2 序列比对的统计分析能够检测同源性 6.3 三维结构有助于了解进化关系 6.4 基于序列信息构建进化树 6.5 现代技术能够用实验方法研究进化

背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]

如第二章所述,建立 GenBank是为了适应人类基应组工程等科学研究产生的大量序列数据的信 息爆炸。总的来说, GenBank是带有注释的公用DNA蛋白质序列的集合。写作本书时, GenBank中有160万条链的纪录,含超过10亿个核苷酸碱基。向GenBank存入新的序列有两种方 法:通过 Sequi nBankl和等工具直接提交,或通过国际核苷酸序列数据库的组成部分 GenBank,eml,和DDB等相互之间传递数据的共享协议

本书对数据库的讨论及前几章中提供的信息都说明,当前各种公共数据库中的序列信息的数 量正急剧增加。与我们已知的核酸序列一样,所有蛋白质序列,无论是直接测得还是由核酸 序列中的开放阅读框转换而来,都包含有决定其结构功能的内在信息。可惜用实验方法获取 这些信息的速度远远赶不上单纯序列数据产生的速度。象圆二色谱、旋光色散、X光晶体衍射 和核磁共振都是确定结构特征的强有力技术,但它们的实现需要大量时间,并对技术和技巧 都有很高要求