第一节 Linux操作系统 第二节 生物信息学中的编程语言 第三节 SQL及数据库编程 第四节 并行计算

第一节 Linux操作系统 第二节 生物信息学中的编程语言 第三节 SQL及数据库编程 第四节 并行计算

DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础,特别是随着大规模测序的日 益增加,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、 载体标识与去除、拼接、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都 是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和 信息分析时刻联系在一起

第一节 测序技术概述 第二节 第二代测序原理 第三节 第二代测序技术的应用 第四节 生物信息学在第二代测序中的应用 第五节 生物信息学新技术与发展趋势

第一节 Linux操作系统 第二节 生物信息学中的编程语言 第三节 SQL及数据库编程 第四节 并行计算

2.1本章简介 本章介绍因特网(Internet)和万维网(《ntemctWorIdWidcWcbWWW,《,简称www),介绍世界各国生物信息中心和服务机构。因特网的诞生,国际生物信息中心的建立,大大推动了生物信息学革命。基于因特网的浏览器的出现,为生物信息资源的开发和应用提供了有效途径。本章将简单介绍浏览器和通过浏览器进行数据库查询的方法,并给出一些重要生物信息中心的网址

第一节 测序技术概述 第二节 第二代测序原理 第三节 第二代测序技术的应用 第四节 生物信息学在第二代测序中的应用 第五节 生物信息学新技术与发展趋势

1.1本章简介 本章旨在介绍生物信息学的基本概念,指出它在现代生物学中的重要地位。首先,我们 将简要回顾生物信息学发展的几个历史阶段,从早期的蛋白质手工测序,到今天的DNA自 动测序。读完本章,你将会发现,DNA测序自动化引起的生物信息爆炸,使生物大分子序 列数据库的数据量急剧增长,而蛋白质结构测定的速度远不能与之相比。因此,从序列信息 直接推断其可能的生物学功能就显得十分必要。本章还将简述蛋白质结构预测的现状,从蛋 白质一级结构中各种氨基酸所包含的折叠信息入手,重点说明蛋白质三级结构预测的意义, 并指出分子伴侣的本质及其在蛋白质折叠过程中的作用

随着硏究者可用的序列与结枃信息的爆炸式增长,生物信息学领域,或更精确地说是计算生 物学领域,在基础生物医疗问题的研究中起着越来越大的作用。计算生物学家面临的挑战, 尤其是由人类基因组计划以及其它测序工作生成的大量数据带来的挑战,将对发现基因和设 计分子模型、定点突变,以及其它有可能发现基因与蛋白质的结构与功能的未知关系的实验 有所帮助

一、引言 快速、经济的核酸序列测序方法的出现使包括分子生物学、遗传学以及生物化学在内的许多 科学领域发生了革命。(Gi bert,1981: Sanger,1981)这项技术的发展同时也使人们需 要构建公用数据库来存储在全世界范围的实验室内得到的序列信息(Benson et al.1997 Stoesser et al.1997)。由于提交到数据库中的序列需要进行分析和解释,同时已经存在 的数据库中的条目需要进行辨识和修补以供研究人员进一步研究之用,因此随着公用数据库 的建立,生物信息学和计算生物学逐渐走向成熟