伯杰氏系统细菌学手册( Bergey's' Manual of Systematic Bacteriology)共分四卷。 第一卷(1984年):具有医学和商用价值的革兰氏阴性细菌。包括螺旋体,螺菌和弧菌,革 兰氏阴性好氧和兼性好氧杆菌,革兰氏阴性的专性厌氧菌,革兰氏阴性好氧和厌氧球菌, 硫酸盐和硫还原细菌,立克次氏体,衣原体和枝原体

伯杰氏系统细菌学手册(Bergey's' Manual of Systematic Bacteriology)共分四卷 第一卷(1984年):具有医学和商用价值的革兰氏阴性细菌。包括螺旋体,螺菌和弧菌,革 兰氏阴性好氧和兼性好氧杆菌,革兰氏阴性的专性厌氧菌,革兰氏阴性好氧和厌氧球菌, 硫酸盐和硫还原细菌,立克次氏体,衣原体和枝原体

伯杰氏系统细菌学手册( Bergey's' Manual of Systematic Bacteriology)共分四 卷。 第一卷(1984年):具有医学和商用价值的革兰氏阴性细菌。包括螺旋体,螺菌和弧菌,革 兰氏阴性好氧和兼性好氧杆菌,革兰氏阴性的专性厌氧菌,革兰氏阴性好氧和厌氧球菌, 硫酸盐和硫还原细菌,立克次氏体,衣原体和枝原体

系统发生(或种系发生、系统发育,phylogeny是指生物形成或进化的历史。系统发 生学(phylogenetics)研究物种之间的进化关系,其基本思想是比较物种的特征,并认为特征 相似的物种在遗传学上接近

DNA序列自身编码特征的分析是基因组信息学研究的基础,特别是随着大规模测序的日 益增加,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、 载体标识与去除、拼接、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都 是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设计和 信息分析时刻联系在一起

近年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标 收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。随着因特网的普及,这些数据库 大多可以通过网络来访问,或者通过网络下载。 一般而言,这些生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库的数据都直接来源于实验 获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释二级数据库是在一级数据库

1.1本章简介 本章旨在介绍生物信息学的基本概念,指出它在现代生物学中的重要地位。首先,我们 将简要回顾生物信息学发展的几个历史阶段,从早期的蛋白质手工测序,到今天的DNA自 动测序。读完本章,你将会发现,DNA测序自动化引起的生物信息爆炸,使生物大分子序 列数据库的数据量急剧增长,而蛋白质结构测定的速度远不能与之相比。因此,从序列信息 直接推断其可能的生物学功能就显得十分必要。本章还将简述蛋白质结构预测的现状,从蛋 白质一级结构中各种氨基酸所包含的折叠信息入手,重点说明蛋白质三级结构预测的意义, 并指出分子伴侣的本质及其在蛋白质折叠过程中的作用

一种生物体的基因组规定了所有构成该生物体的蛋白质,基因规定了组成蛋白质的氨基 酸序列。虽然蛋白质由氨基酸的线性序列组成,但是,它们只有折叠成特定的空间构象才能 具有相应的活性和相应的生物学功能。了解蛋白质的空间结构不仅有利于认识蛋白质的功 能,也有利于认识蛋白质是如何执行其功能的确定蛋白质的结构对于生物学研究是非常重 要的。目前,蛋白质序列数据库的数据积累的速度非常快,但是,已知结构的蛋白质相对比 较少

分枝定界法(Branch and Bound Method 基本思想: 先求出整数规划相应的线性规划(即不考虑整数限制)的最优解, 若求得的最优解符合整数要求,则这个解就是原整数规划的最优解; 若不满足整数条件,则任选一个不满足整数条件的变量来构造新的约束,在原可行域中剔除部分非整数解。 然后,再在缩小的可行域中求解新构造的线性规划的最优解,这 样通过求解一系列线性规划问题,最终得到原整数规划的最优解。 ·定界的含义: 整数规划是在相应的线性规划的基础上增加变量为整数的约束条件,整数规划的最优解不会优于相应线性规划的最优解。 对极大化问题来说,相应线性规划的目标函数最优值是原整数规划函数值的上界;

(一)西方经济学具有二重性 (二)两种错误倾向—片面性