(1. 鞍山科技大学 理学院, 辽宁 鞍山 114044; 2. 武汉大学 数学与统计学院, 湖北 武汉 430072) 摘 要: 分子生物学中基因无方向的反转基因组重排问题在数学上已被证明是一个 N P2难问题. 目前, 较好 的算法是 Ch ristie (2001) 的 3ö22近似算法. 本文给出一种适合于计算基因无方向的反转基因组重排问题的模 拟退火算法, 定义了解的邻域结构. 数据实验的结果表明该算法性能优于 3ö22近似算法

1) 突变 2) 重组 3) 转座 1) 遗传系统的产生 2) 基因组进化的模式

1) 什么是表观遗传 2) 表观遗传现象 3) 表观遗传机制 位置效应 副突变 甲基化 基因组印记 染色质重建 剂量补偿

1 基因组序列特征分析  碱基组成分析  序列模体分析  密码子使用偏嗜性分析  重复序列分析  限制性酶切位点分析  基因识别 2 基因功能分析 3 基因组比较 基因组比较  基因组比较：将一个基因组（全部序列、预测的所有基因或蛋白质）与其自身（物种内）或其它的基因组（物种间）进行比较。  对不同物种的基因组进行比较分析，帮助我们理解基因组间的相似性、基因组的进化及其基因的进化历程 基因组内比较 vs 基因组间比较

一、基因组进化的分子基础 二、基因组的进化模式 The mode of Genome evolution I. The Origin of Genome II. The Origin of New Genes III. The Evolution of New Genes 基因组进化的分子基础 突变（mutation） 重组（recombination) 转座(transposition) III. 新基因的进化（Evolution of new genes ）

3、基因重组 基因重组(gene recombination)是两个独立基因组内 的遗传基因,通过交换与重新组合形成新的稳定基因组 的过程。 原核微生物基因组通常只是部分遗传物质的转移和重 组,并且通过转化、接合和转导等形式进行; 真核微生物的基因重组发生在有性繁殖过程中,通过 减数分裂后整套染色体发生高频率交换(基因重组) 在真核微生物中的部分真菌存在不通过减数分裂而在有 丝分裂过程产生低频率基因重组的准性生殖方式

第一节：基因组序列的重复及点阵分析 第二节：基因序列的周期性与傅里叶变换 第三节：基因组片段中的保守信号及log图与权重矩阵

第一节 基因组学概述 第二节 蛋白质编码基因的注释 第三节 RNA基因的注释 第四节 重复序列的注释 第五节 假基因的注释 第六节 案例分析：黄瓜基因组的注释

第一节 遗传的物质基础 第二节 微生物的基因组结构 重点：原核及真核微生物基因组的基本特征 第三节 质粒和转座因子 重点：质粒与转座因子的基本特征及类型 第四节 基因突变及修复 重点：基因突变的规律 第五节 细菌基因转移和重组 重点：三种基因水平转移方式及其应用 第六节 菌种保藏方法

1.目前遗传学研究已进入基因工程和功能基因组的新阶段。请你各举一例说明在基因工程研究和功能 基因组研究中普通遗传学的分析方法依然是重要的。(20分)