第2章遗传图绘制
第2章 遗传图绘制
结构基因组的研究策略 基因组的测序路线 作图测序组装 遗传图物理图图譜测序随机测序骨架图空隙填补 整合 校正 草图与精图
结构基因组的研究策略
为何要绘制遗传图与物理图? 1)基因组太大,必需分散测序,然后将分 散的顺序按原来位置组装,需要图譜 进行指导 2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序, 因此要高密度基因组图 3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互 整合校正
为何要绘制遗传图与物理图？ 1)基因组太大,必需分散测序,然后将分 散的顺序按原来位置组装,需要图譜 进行指导. 2)基因组存在大量重复顺序,会干扰排序, 因此要高密度基因组图. 3)遗传图和物理图各有优缺点,必须相互 整合校正
什么是遗传图? 遗传图( Genetic Map): 通过遗传学方法,以遗传图距(cM)为单位绘 制的染色体上基因或标记之间相对位置的 连锁图
什么是遗传图? 遗传图(Genetic Map): 通过遗传学方法, 以遗传图距(cM) 为单位绘 制的染色体上基因或标记之间相对位置的 连锁图
遗传图与物理图 1)遗传作图( Genetic mapping)采用遗传学 分析方法将基因或其它DNA顺序标定在染色体 上构建连锁图。这一方法包括杂交实验,家系分 析。遗传图距单位为厘摩(cM,每单位厘摩定义 为1%交换率。 2)物理作图( Physical mapping)采用分子生 物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标 定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法 而异,如辐射杂种( radiation hybrid)作图的计 算单位为厘镭(cR,限制性片段作图与克隆作图 的图距为DNA的分子长度,即碱基对(bp,kb)
遗传图与物理图 1）遗传作图（Genetic mapping） 采用遗传学 分析方法将基因或其它DNA顺序标定在染色体 上构建连锁图。这一方法包括杂交实验，家系分 析。遗传图距单位为厘摩(cM), 每单位厘摩定义 为1%交换率。 2）物理作图（Physical mapping） 采用分子生 物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标 定在基因组实际位置。物理图的距离依作图方法 而异，如辐射杂种（radiation hybrid）作图的计 算单位为厘镭(cR), 限制性片段作图与克隆作图 的图距为DNA的分子长度，即碱基对(bp, kb)
基因 基因组物理图 组测 全基因组鸟 基于克隆物理 枪法测序 图的测序 序的 策略 二 由上至 下(左 和由下 至上的 A b C 测序(右) 全基因组鸟枪法测序和基于克隆物理图的测序都必 须要有高密度的分子标记
基因 组测 序的 策略 --- 由上至 下(左) 和由下 至上的 测序(右) 全基因组鸟枪法测序和基于克隆物理图的测序都必 须要有高密度的分子标记
为何要用分子标记进行 基因组作图 基因组测序的基本策略是将整个基因组分 割成一些小的片段分别测序,然后将测序的 片段进行组装,使其回归到原来的位置 为了确保分散的基因片段正确归位组装,必 须寻找一批标记,它们在染色体上的位置是 已知的、唯一的、确定的,并位于不同的测 序片段之中
为何要用分子标记进行 基因组作图 基因组测序的基本策略是将整个基因组分 割成一些小的片段分别测序, 然后将测序的 片段进行组装, 使其回归到原来的位置. 为了确保分散的基因片段正确归位组装, 必 须寻找一批标记,它们在染色体上的位置是 已知的、唯一的、确定的, 并位于不同的测 序片段之中
基因组路标( endmarker 染色体上的基因和DNA顺序 标记1 均可作为路标,路标具有 物理属性,它们由特定的 标记2DNA顺序组成.路标位于 染色体上的位置是固定的 唯一的,不会更改的,因而 标记3提供了作图的依据
基因组路标(landmarker) 标记1 标记2 标记3 染色体上的基因和DNA顺序 均可作为路标, 路标具有 物理属性,它们由特定的 DNA顺序组成. 路标位于 染色体上的位置是固定的, 唯一的,不会更改的,因而 提供了作图的依据
座位(cus)与位点(sie) Locus:座位是经典遗传学中常用的概念,系指染 色体上经遗传分析确定的某个位置,它们 可以是基因、DNA顺序或分子标记.因此 locus系指遗传单元在染色体所占据的位置 Site:位点是指基因组物理图上某一确定的DNA 顺序 注:当 locus是指确定的DNA顺序或基因序列时, 也可称为site
座位(locus)与位点(site) Locus: 座位是经典遗传学中常用的概念, 系指染 色体上经遗传分析确定的某个位置, 它们 可以是基因、DNA顺序或分子标记. 因此 locus系指遗传单元在染色体所占据的位置. Site: 位点是指基因组物理图上某一确定的DNA 顺序. 注: 当locus是指确定的DNA顺序或基因序列时, 也可称为site
遗传作图标记 1)第一代分子标记,单一顺序多态性: RFLP. AFLP. RAPD 2)第二代分子标记,重复顺序多态性 Simple sequence length polymorphisrns, SSLPs Variable number of tandem repeats, VNTR Simple tandem repeats, STR Single sequence repeats, SSR 3)第三代分子标记,单核苷酸多态性 Single nucleotide polymorphisms, SNP
遗传作图标记 1) 第一代分子标记,单一顺序多态性: RFLP, AFLP, RAPD 2) 第二代分子标记, 重复顺序多态性: Simple sequence length polymorphisrns, SSLPs Variable number of tandem repeats, VNTR Simple tandem repeats, STR Single sequence repeats, SSR 3) 第三代分子标记, 单核苷酸多态性: Single nucleotide polymorphisms, SNP