第4章基因组测序与组装 1)基因组测序的策略 2)基因组测序的方法 3)高通量自动化测序 4)序列组装
第4章 基因组测序与组装 1) 基因组测序的策略 2) 基因组测序的方法 3) 高通量自动化测序 4) 序列组装
基因组测序的策略 1)随机测序 2)限定测序
基因组测序的策略 1) 随机测序 2) 限定测序
随机测序 1)基因组文库构建 2)两端测序 3)为何要两端测序
随机测序 1) 基因组文库构建 2) 两端测序 3) 为何要两端测序
随机测序原理 基因组DNA 挑取克隆 两端测序 部分酶切 供体DNA 电泳分离 2 kb 测序结果 收集DNA片段 建库 覆盖的DNA区段
随机测序原理
基因组测序的方法 1)测序的DNA多聚酶 2)测序标记 3)电泳装置; 4)测序难点
基因组测序的方法 1) 测序的DNA多聚酶; 2) 测序标记; 3) 电泳装置; 4) 测序难点
测序的DNA多聚酶 DNA多聚酶合成DNA 引物DNA多聚酶 5′模板DNA 5′-3′外切核酸酶活性使DNA 外切核酸酶活性可使DNA 多聚酶可切除已存在的5′单钔 多聚酶校正3′错配的核苷酸 错配的核苷酸 5 5 目前普遍采用的测序酶为 Sequenase,来自T7噬菌体
测序的DNA多聚酶 目前普遍采用的测序酶为Sequenase, 来自T7噬菌体
Sanger测序法 同位素标记电泳测序荧光标记电泳测序 A T C G A T C G 每秤山dNTP携带 dT@dGQ不同的荧光标记 测序反应,产物分高 显示系统 =三 daGO 检测 dGO 荧光信号做次通过栓测仪 CACCGCATCGAAAT TAACT TCCAAAGT TAAGCTTGG
同位素标记电泳测序 荧光标记电泳测序 Sanger测序法:
计机}匚放大器 反射镜 nm 580 nm 毛细管电泳测序 过滤器 555 透镜 长通道透镜 525n PMT— 二色光束分裂器 光谱透镜 反射镜 激光(488m) ←二色光束分裂器 物镜 转换台 检测区 电泳毛细管 ∠一电泳池 高压电源 (b)
毛细管电泳测序
毛细
毛细管
Sanger电泳测序 循环阵列测序 DNA fragmentation DNA fragmentation 第一代 In vivo cloning and amplification In vitro adaptor ligation 和 第二代 Cycle sequencing Generation of polony array DNA测序 CTGAT CTGATC CTGATCT CTGATCTA CTGATCTAT CTGATCTATG CTGATCTATGC Polymerase 中断测序 NTPs CTGATCTATGCT O CTGATCTATGCTCO Labeled ddNTPs .. CTGATCTATGCTCG 焦磷酸测序↓ pyrosequencing 连续测序 Electrophorsesis Cyclic array sequencing ead/capillary) (>10° reads/array) Cycle 1 Cycle 2 a c What is base 1? What is base 2? What is base 3?
第一代 和 第二代 DNA测序 - 中断测序 连续测序