生物信息学的概念 生物分子信息 生物信息学的发展历史 生物信息学的当前任务 生物信息学所用的方法和技术 生物信息学的主要研究内容

第一节 合成生物学概述 第二节 合成生物学基础研究经典实例 第三节 合成生物学应用研究经典实例

第一节 合成生物学概述 第二节 合成生物学基础研究经典实例 第三节 合成生物学应用研究经典实例

第一节 生物学数据库简介 第二节 生物学数据库的内容与结构 第三节 生物学数据库的检索

第一节 合成生物学概述 第二节 合成生物学基础研究经典实例 第三节 合成生物学应用研究经典实例

第一节 生物学数据库简介 第二节 生物学数据库的内容与结构 第三节 生物学数据库的检索

第一节 生物学数据库简介 第二节 生物学数据库的数据存储格式 第三节 生物学数据库的检索

背景 ACEDB(一种线虫C.e/ egans数据库)是一种被广泛应用的管理和提供基因组数据的工具组。它 是在1991年由 Ri chard duri n和 Jean Thi erry-Mi eg首先提供的,他们发展它来支持和整理 C. elegans领域中的大范围序列和物理图谱的工作。在本章结尾所列出的因特网资源和资料中 可见1和2条。后续的程序由 Durbin和 Thierry- Mi eg编制和完善,还有许多其他人参与了代码 的编制。这一时期, ACEDB适用于许多动物和植物的基因组计划[3]

⚫ 序列的相似性 ⚫ 二重序列比对 ⚫ 多重序列比对 ⚫ DNA片断组装 第一节 序列的相似性 ⚫ 字母表和序列 ⚫ 编辑距离 ⚫ 矩阵作图法 ⚫ 序列的两两比对 ⚫ 打分矩阵 第二节 二重序列比对基本算法

如第二章所述,建立 GenBank是为了适应人类基应组工程等科学研究产生的大量序列数据的信 息爆炸。总的来说, GenBank是带有注释的公用DNA蛋白质序列的集合。写作本书时, GenBank中有160万条链的纪录,含超过10亿个核苷酸碱基。向GenBank存入新的序列有两种方 法:通过 Sequi nBankl和等工具直接提交,或通过国际核苷酸序列数据库的组成部分 GenBank,eml,和DDB等相互之间传递数据的共享协议