第十章微生物的分类和鉴定 目所知道的微生物种数已超过了十万种， 这还是一个正在急剧扩大着的数字。微生 物分类学(microbial taxonomy)是一门按 微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚 的各种分类单元或分类群(taxon)的科学。 它的具体任务有三，即分类 (classification)、鉴定(identification)f和 命名(nomenclature)
第十章 微生物的分类和鉴定 ❖ 目所知道的微生物种数已超过了十万种， 这还是一个正在急剧扩大着的数字。微生 物分类学(microbial taxonomy)是一门按 微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚 的各种分类单元或分类群(taxon)的科学。 它 的 具 体 任 务 有 三 ， 即分类 (classification)、鉴定(identification)和 命名(nomenclature)
第一节通用分美单元 ”一、种以上的系统分类单元 (一)七级分类单元 冬 种以上的系统分类单元(taxon或category, 也称分类 阶元或分类群)自上而下依次可分七级，即； 界Kingdom(拉：Regnum) 门Phylum(拉：Phylum)或Division(拉：Divisio) 纲Class(拉：Clsssis) 目Order(拉：Ordo) 科Family(拉：Familia) 属Genus(拉：Genus) 种Species(拉：Species)
第一节 通用分类单元 ❖ 一、种以上的系统分类单元 ❖ （一）七级分类单元 ❖ 种以上的系统分类单元（taxon或category，也称分类 阶元或分类群）自上而下依次可分七级，即； ❖ 界Kingdom（拉：Regnum） ❖ 门Phylum（拉：Phylum）或Division（拉：Divisio） ❖ 纲Class（拉：Clsssis） ❖ 目Order（拉：Ordo） ❖ 科Family（拉：Familia） ❖ 属Genus（拉：Genus） ❖ 种Species（拉：Species）
第一节通用分类单元 科级以上分类单元的名称是拉丁或希腊词源的名词、 用作名词的形容词或二个拉丁化的外来词，应是阴性、 复数并具首字母用大写。一 卖际上，在现代细菌命名中， 各分类单元都采用阴性和复数的形容词形式作 词使角，例如Pseudomonadaceae(假单胞菌科) (二)种的概念 在徽生物尤基套原核类微生物中，种的定义是极其难 定的，至今还我不到一个公认的、明确的种的定义 相无美套養层肉鑫鞋 特征高度相似、 异的菌株的总称。在微生物中， T能有器的个奥型菌株(type st3 来作具体 标本，故这一典型菌株就是该种的模式种(type species)
❖ 科级以上分类单元的名称是拉丁或希腊词源的名词、 用作名词的形容词或一个拉丁化的外来词，应是阴性、 复数并且首字母用大写。实际上，在现代细菌命名中， 科以上各分类单元都采用阴性和复数的形容词形式作 名词使用，例如Pseudomonadaceae（假单胞菌科） 等。 ❖ （二）种的概念 ❖ 在微生物尤其在原核类微生物中，种的定义是极其难 定的，至今还找不到一个公认的、明确的种的定义。 可以认为，种是一个基本分类单元，它是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其它种 有着明显差异的菌株的总称。在微生物中，一个种只 能用该种内的一个典型菌株（type strain）来作具体 标本，故这一典型菌株就是该种的模式种（type species）。 第一节 通用分类单元
第一节通用分美单元 在微生物学中，至今种的范围还无法确定。由 于在微生物中，尤其在原核生物中的种只是 大群性状极其相同的菌株的总称，所以在微生 物学中的“种”至今还只是一个抽象的概念。 在这里，具体的种是指能代表这个种的各典型 性状的一个被指定的菌株亦即模式菌株。 必 随着微生物分类学的发展，人们越来越清楚地 看到种的定义应建立在遗传物质即DNA鉴定的 基础上，把DNA同源性的大小作为划分种的标 准
第一节 通用分类单元 ❖ 在微生物学中，至今种的范围还无法确定。由 于在微生物中，尤其在原核生物中的种只是一 大群性状极其相同的菌株的总称，所以在微生 物学中的“种”至今还只是一个抽象的概念。 在这里，具体的种是指能代表这个种的各典型 性状的一个被指定的菌株亦即模式菌株。 ❖ 随着微生物分类学的发展，人们越来越清楚地 看到种的定义应建立在遗传物质即DNA鉴定的 基础上，把DNA同源性的大小作为划分种的标 准
第一节通用分美单元 冬在讨论种的问题时，还要介绍一个“新种” (sp.nov.或nov.sp.,是species nova的缩 写)的概念。如果某分类工作者在实际工作中 获得并鉴定了一个新种，当他按命名规则进行 命名并发表时，应在其学名后附上“sp.nov.” 符号。例如，由我国学者筛选到的谷氨酸发酵 新菌种Corynebacterium pekinense sp.nov.AS1.299(北京棒杆菌AS1.299,新 种)和C.crenatum sp.nov.AS1.542(钝齿棒 杆菌AS1.542,新种)，等等
第一节 通用分类单元 ❖ 在讨论种的问题时，还要介绍一个“新种” （sp.nov.或nov.sp.，是species nova的缩 写）的概念。如果某分类工作者在实际工作中 获得并鉴定了一个新种，当他按命名规则进行 命名并发表时，应在其学名后附上“sp.nov.” 符号。例如，由我国学者筛选到的谷氨酸发酵 新 菌 种 Corynebacterium pekinense sp.nov.AS1.299（北京棒杆菌AS1.299，新 种）和C.crenatum sp.nov.AS1.542（钝齿棒 杆菌AS1.542，新种），等等
学名 每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名 (common name)和学名(scientific name)两种。俗 名指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化的 优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局限，例 如“结核杆菌”(tubercle bacillus)用于表示 Mycobacterium tuberculosis（结核分支杆菌)，“绿脓 杆菌”表示Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌) 等等。而学名则指一个菌种的科学名称，它是按照《国际细 菌命名法规》命名的、国际学术界公认并通用的正式名字。 一个种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的。在出版物中 应排成斜体字，在书写或打字时，应在学名之下划一横线， 以表示它应是斜体字母。根据双名法的规则，学名通常由 个属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学名， 在此两者之后往往还加上首次定名人（用括号括住）、现名 定名人和现名定名年份，但在一般使用时，这几个部分总是 省略的
每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名 （common name）和学名（scientific name）两种。俗 名指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化的 优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局限，例 如“结核杆菌”(tubercle bacillus)用于表示 Mycobacterium tuberculosis（结核分支杆菌），“绿脓 杆菌”表示Pseudomonas aeruginosa（铜绿假单胞菌） 等等。而学名则指一个菌种的科学名称，它是按照《国际细 菌命名法规》命名的、国际学术界公认并通用的正式名字。 一个种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的。在出版物中 应排成斜体字，在书写或打字时，应在学名之下划一横线， 以表示它应是斜体字母。根据双名法的规则，学名通常由一 个属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学名， 在此两者之后往往还加上首次定名人（用括号括住）、现名 定名人和现名定名年份，但在一般使用时，这几个部分总是 省略的。 二、学名
·学名=属名十种的加词十（首次定名人）十现名定名人十定名年份 必要，用斜体排字 可省略，均用正体排字 ÷例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers 1919 ÷例2：金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
❖ 学名=属名＋种的加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋定名年份 ❖ 必要，用斜体排字 可省略，均用正体排字 ❖ 例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） ❖ Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers 1919 ❖ 例2：金黄色葡萄球菌 ❖ Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
现将有关学名的若干规定与常识介绍如下： ①属，（或亚属）名：是一个表示该种微生物主要特征的名次 或用作名次的形容词，单数，其第一个字母应该天写。其词 疆磬考复老羲。司、希简或武稻拉于花耐外柔奇，也奇股 在前后有两个或数个学名排在一起，.且在其属名相同的情况 :B。流醇复成可态窘加-寄号税 Streptomyces(链霉菌属)可缩写成“S.等等。 ②种的加词：，代表二个种的次要特征，同样由拉丁词、希腊 词或拉丁化的外来词所组成。字首二律小写（即使它是由某 二人名衍化而来，首字母也不应天写)。它可以是二个形 词或名词：如果是形容词，其性必须与其形室的属鱼的性相 一致，例如在Staphylococcus.aureus(金黄色葡萄球菌) 中的aureus为阳性。在出版物中，种的加词与属名一起均应 排成斜体。 ③学名的发音：按规定，学名均应按拉丁字母发音规则发音
❖ 现将有关学名的若干规定与常识介绍如下： ❖ ①属（或亚属）名：是一个表示该种微生物主要特征的名次 或用作名次的形容词，单数，其第一个字母应该大写。其词 源可来自于拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词，也可以 组合方式形成。 ❖ 在前后有两个或数个学名排在一起，且在其属名相同的情况 下，后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号的形 式，如Bacillus（芽孢杆菌属）可写成“B.”， Streptomyces（链霉菌属）可缩写成“S.”等等。 ❖ ②种的加词：代表一个种的次要特征，同样由拉丁词、希腊 词或拉丁化的外来词所组成。字首一律小写（即使它是由某 一人名衍化而来，首字母也不应大写）。它可以是一个形容 词或名词。如果是形容词，其性必须与其形容的属名的性相 一致，例如在Staphylococcus aureus（金黄色葡萄球菌） 中的aureus为阳性。在出版物中，种的加词与属名一起均应 排成斜体。 ❖ ③学名的发音：按规定，学名均应按拉丁字母发音规则发音
亚种以下的分类单元 亚种以下的分类单元(infrasubspecific taxa)很多，它的提 出和使用均不受细菌命名法规的限制。 (一)亚种(subspecies,subsp.,ssp.) 是种的进二步细分单元，一般指其某一明显而稳定的特征与 模式种不同的种。 (二)变种(variety,var.) 变种是亚种的同义词，、因易引起混乱，故，《国际细菌命名法 窥》(975)已窥定它茬命名法中没有地位，宜呈张使角 (三)型 在亚种以下的“型”(fom)曾用于表示细菌菌株，但目前已 摩墅： 醇套使用的是以塑作信爱漫角，例星物委
❖ 亚种以下的分类单元(infrasubspecific taxa)很多，它的提 出和使用均不受细菌命名法规的限制。 ❖ （一）亚种(subspecies，subsp.，ssp.) ❖ 是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而稳定的特征与 模式种不同的种。 ❖ （二）变种(variety，var.) ❖ 变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故《国际细菌命名法 规》（1975）已规定它在命名法中没有地位，且不主张使用。 ❖ （三）型 ❖ 在亚种以下的“型”(form)曾用于表示细菌菌株，但目前已 废除。目前尚在使用的是以“型”作后缀使用，例如生物变 异型、化学型等。 三、亚种以下的分类单元
(四)类群(group)是一个在分类上没有地位的变通 名词，它可非正式地指定一组具有某些共同性状的生物 (五)菌株(strain)菌株又称品系（在病毒中则称毒 株或株)，表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个 病毒粒子)繁殖而成的纯种群体及其一切后代。 (六)小种(ace)又称品种、宗或生产小系等，它的涵 义很乱，在真菌学中常相当于生理型，在动物中常指生 态型，而在发酵工业中，则常指自生产中选育出来的自 发突变菌株。 (七)相(phase)自然界存在的微生物交互变异的一定 阶段； 必 (八)态(state)通常指微生物的菌落变异状态，如粗糙 光滑或粘液状等
❖ （四）类群（group）是一个在分类上没有地位的变通 名词，它可非正式地指定一组具有某些共同性状的生物。 ❖ （五）菌株（strain）菌株又称品系（在病毒中则称毒 株或株），表示任何由一个独立分离的单细胞（或单个 病毒粒子）繁殖而成的纯种群体及其一切后代。 ❖ （六）小种(race)又称品种、宗或生产小系等，它的涵 义很乱，在真菌学中常相当于生理型，在动物中常指生 态型，而在发酵工业中，则常指自生产中选育出来的自 发突变菌株。 ❖ （七）相(phase)自然界存在的微生物交互变异的一定 阶段； ❖ （八）态(state)通常指微生物的菌落变异状态，如粗糙、 光滑或粘液状等