第2章基因组遗传图谱的制作 21遗传图谱与物理图谱 22遗传作图的标记 23遗传作图的原理 24分子图谱的构建
第2章 基因组遗传图谱的制作 基因组遗传图谱的制作 2.1 遗传图谱与物理图谱 2.2 遗传作图的标记 2.3 遗传作图的原理 2.4 分子图谱的构建
1遗传图谱与物理图谱 为何要绘制遗传图与物理图? 如果将每个碱基比作一个英文字母,以每10cm书写60 个字母计算,人类基因组30亿个碱基其长度可达5000 千米相当于从北美洲的蒙特利尔横跨大西洋到达伦敦 洛杉矶到达巴拿马 以上述标准编写书籍,可写成3000本每册200万字的著 作即米 即使简单的原核生物,以上述标准推算也足有1000千
2.1 遗传图谱与物理图谱 遗传图谱与物理图谱 为何要绘制遗传图与物理图？ ¾ 如果将每个碱基比作一个英文字母，以每10 cm书写60 个字母计算，人类基因组30亿个碱基其长度可达5000 千米相当于从北美洲的蒙特利尔横跨大西洋到达伦敦， 洛杉矶到达巴拿马 ¾ 以上述标准编写书籍，可写成3000本每册200万字的著 作 ¾ 即使简单的原核生物，以上述标准推算也足有1000千 米
基因组测序的策略 鸟枪法( shotgun method) 将基因组序列打断为小片段,对小片段进 行测序,通过计算机搜索重叠区从而构建主序 列,达到获得整个基因组序列的目的。 测序方法的局限:<750bp
基因组测序的策略 鸟枪法（shotgun method ） 将基因组序列打断为小片段，对小片段进 行测序，通过计算机搜索重叠区从而构建主序 列，达到获得整个基因组序列的目的。 测序方法的局限：<750 bp
四图是网全面的江
鸟枪法是获得较小的原核生物基因组序列的 标准方法,它不适用于分析较大的、复杂的真核 生物基因组。 对于真核生物基因组,首先需要建立起 个基因组图( genome ap),基因组图通 过显示DNA的位置特征为测序提供指导。 克隆重叠群法( clone contig 直接鸟枪法( directed shotgun)
鸟枪法是获得较小的原核生物基因组序列的 标准方法，它不适用于分析较大的、复杂的真核 生物基因组。 对于真核生物基因组，首先需要建立起 一个基因组图（genome map），基因组图通 过显示DNA的位置特征为测序提供指导。 克隆重叠群法（clone contig ） 直接鸟枪法 (directed shotgun)
重叠群( contig):指相互间存在重叠顺序的一组 克隆。 克隆重叠群法( clone contig):基因组被打断为 许多片段,建立重叠群,对每一片段进行鸟枪法测 序,一旦测序完成,便可将其定位在基因组图上的 正确位置。 直接鸟枪法( directed shotgun):首先进行全基 因组鸟枪法测序,再以基因组图的分子标记为起点 将鸟枪法DNA片段进行组装
重叠群（contig）：指相互间存在重叠顺序的一组 克隆。 克隆重叠群法（clone contig）：基因组被打断为 许多片段，建立重叠群，对每一片段进行鸟枪法测 序，一旦测序完成，便可将其定位在基因组图上的 正确位置。 直接鸟枪法（directed shotgun）：首先进行全基 因组鸟枪法测序，再以基因组图的分子标记为起点 将鸟枪法DNA片段进行组装
标记 A BC DE F G H 已作图的DNA片段一 全基因组 B 鸟枪法 B DE H 重叠群法 A BC DE F G H 直接鸟枪法
标记 A B A B D E H A B C D E F G H A B C D E F G H 已作图的DNA片段 全基因组 鸟枪法 重叠群法 直接鸟枪法
遗传图与物理图 遗传作图( Genetic mapping).用遗传学分析方 法将基因或其它DNA顺序标定在染色体上构建连 锁图。这一方法包括杂交实验,家系分析。遗传图 距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。 物理作图( Physical mapping).用分子生物学 技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基 因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异,如 辐射杂种( radiation hybrid)作图的计算单位为 厘镭(cR),限制性片段作图与克隆作图的图距为 DNA的分子长度,即碱基对
遗传图与物理图 遗传图与物理图 遗传作图（Genetic mapping ） 采用遗传学分析方 法将基因或其 它DNA顺序标定在染色体上构建连 锁图。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图 距单位为厘摩 ( cM), 每单位厘摩定义为1%交换率。 物理作图（Physical mapping ） 采用分子生物学 技术直接 将DNA分子标记、基因或克隆标定在基 因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异，如 辐射杂种 （radiation hybrid）作图的计算单位为 厘镭(c R ) , 限制性片段作图与克隆作图的图距为 DNA的分子长度，即碱基对
22遗传作图的标记 和AR化命 Setting flags on the genome
2.2 遗传作图的标记 遗传作图的标记 Setting flags on the genome
形态标记:指那些能够明确显示遗传多态性的 外观性状。如果蝇眼睛的颜色、植株的高矮等。 广义的形态标记那些借助简单测试即可识别的 某些形状如生理特性、抗病虫性等。 个遗传形状必须以两种表型( phenotype) 存在才能用于遗传学分析,每种表型是由相应 基因的不同等位基因( allele)所决定的
形态标记：指那些能够明确显示遗传多态性的 外观性状。如果蝇眼睛的颜色、植株的高矮等。 广义的形态标记那些借助简单测试即可识别的 某些形状如生理特性、抗病虫性等。 一个遗传形状必须以两种表型（phenotype） 存在才能用于遗传学分析，每种表型是由相应 基因的不同等位基因（allele）所决定的