《药物设计学》习题集 是非题 利用计算机作化合物的生物活性测定数据的统计分析,称为计算机辅助药物筛选 2.用三维结构搜寻法设计出的药物,一定是化学结构已知的化合物 3.当药物作用靶点结构未知时,可以用分子碎片法来设计新的药物分子 4.分子动力学在计算机辅助药物设计中主要用于计算药物分子与靶点间相互作用的结合 速度 5.利用计算机分子模型技术,可以直观地观察药物与靶点之间的相互作用 6.当药物受体蛋白的三维空间结构不知道时,可以用己知三维结构,有着相似氨基酸序列、 相似来源和相似功能的蛋白质为样板来设计新的药物 7.用三维结构搜寻法设计出的药物,一定是新化学实体(NCE) 8.当药物作用靶点结构不知道时,可以用原子生长法来设计新的药物分子 9.核磁共振技术比X射线晶体学测得的药物分子三维结构更接近于生物条件下体液中的 分子状态 10.分子力学主要用于计算化学反应中分子的反应能力 11.计算杋辅助药物设计的软件必须含有数据库、参数运算、数据转换、解析、预测、显示 和操作等7个系统 12.进行比较分子力场分析( CoMFA)的基本条件是已知一系列药物分子的生物活性数据 即使这些分子的三维结构测定数据不知道也无关系 13.5-羟色胺只能从食物中摄取吸收,不能在体内合成 14.5-羟色胺在体内发挥神经递质作用后一部分被重摄取,一部分被降解 15.5-HT3受体为G蛋白偶联受体 16.甾体类激素的受体为胞内受体 17.配基门控离子通道的结构为跨膜蛋白质 18.5-HT3受体抑制剂的主要临床应用是作为镇痛剂 19.5-HT3受体的三维结构已经阐明,可以用直接药物设计方法进行设计 20.网上检索专业文献的缺点是难以查找相关的论文 21.网上检索专业文献有着方便地查找相关的论文的特点 2.量子力学、分子力学、分子动力学用于计算分子的能量和低能构象 23. Monte carlo方法抽样处理的方式是选取最典型的构象式 24.分子模型方法除了能表示出分子的三维结构,还能表示出分子的性质 25.用探针计算网格中分子的性质,探针的步长减小1倍,则计算量比原来增加1倍 26.以 ChemDraw等分子结构绘图软件画出的分子图形可方便地粘贴至word等文字处理文 件中 27.通过分子碎片法可以计算分子的各种构象的能量 28. CoMFA方法属于3D-QSAR方法 29.用三维结构搜寻方法设计出的药物是化学结构全新的未知化合物 30.X一射线晶体学比核磁共振技术测定得到的药物分子三维结构更接近于生物条件下体 液中的分子状态 31.分子动力学可用于计算分子的运动轨迹 32.靶点三维结构已知时可考虑采用原子生长法来设计新的药物分子 33.用三维结构搜寻法设计出的药物一定是化学结构已知的化合物 34.当药物作用靶点未知时,可以采用分子碎片法来设计新的药物分子
《药物设计学》习题集 是非题 1. 利用计算机作化合物的生物活性测定数据的统计分析，称为计算机辅助药物筛选_____ 2. 用三维结构搜寻法设计出的药物，一定是化学结构已知的化合物_____ 3. 当药物作用靶点结构未知时，可以用分子碎片法来设计新的药物分子_____ 4. 分子动力学在计算机辅助药物设计中主要用于计算药物分子与靶点间相互作用的结合 速度_____ 5. 利用计算机分子模型技术，可以直观地观察药物与靶点之间的相互作用_____ 6. 当药物受体蛋白的三维空间结构不知道时，可以用已知三维结构，有着相似氨基酸序列、 相似来源和相似功能的蛋白质为样板来设计新的药物_____ 7. 用三维结构搜寻法设计出的药物，一定是新化学实体（NCE）_____ 8. 当药物作用靶点结构不知道时，可以用原子生长法来设计新的药物分子_____ 9. 核磁共振技术比 X-射线晶体学测得的药物分子三维结构更接近于生物条件下体液中的 分子状态_____ 10. 分子力学主要用于计算化学反应中分子的反应能力_____ 11. 计算机辅助药物设计的软件必须含有数据库、参数运算、数据转换、解析、预测、显示 和操作等 7 个系统_____ 12. 进行比较分子力场分析（CoMFA）的基本条件是已知一系列药物分子的生物活性数据， 即使这些分子的三维结构测定数据不知道也无关系_____ 13. 5-羟色胺只能从食物中摄取吸收，不能在体内合成_____ 14. 5-羟色胺在体内发挥神经递质作用后一部分被重摄取，一部分被降解_____ 15. 5-HT3 受体为 G 蛋白偶联受体_____ 16. 甾体类激素的受体为胞内受体_____ 17. 配基门控离子通道的结构为跨膜蛋白质_____ 18. 5-HT3 受体抑制剂的主要临床应用是作为镇痛剂_____ 19. 5-HT3 受体的三维结构已经阐明，可以用直接药物设计方法进行设计_____ 20. 网上检索专业文献的缺点是难以查找相关的论文_____ 21. 网上检索专业文献有着方便地查找相关的论文的特点_____ 22. 量子力学、分子力学、分子动力学用于计算分子的能量和低能构象_____ 23. Monte Carlo 方法抽样处理的方式是选取最典型的构象式_____ 24. 分子模型方法除了能表示出分子的三维结构，还能表示出分子的性质____ 25. 用探针计算网格中分子的性质，探针的步长减小 1 倍，则计算量比原来增加 1 倍_____ 26. 以 ChemDraw 等分子结构绘图软件画出的分子图形可方便地粘贴至 Word 等文字处理文 件中_____ 27. 通过分子碎片法可以计算分子的各种构象的能量_____ 28. CoMFA 方法属于 3D-QSAR 方法_____ 29. 用三维结构搜寻方法设计出的药物是化学结构全新的未知化合物_____ 30. X－射线晶体学比核磁共振技术测定得到的药物分子三维结构更接近于生物条件下体 液中的分子状态_____ 31. 分子动力学可用于计算分子的运动轨迹_____ 32. 靶点三维结构已知时可考虑采用原子生长法来设计新的药物分子_____ 33. 用三维结构搜寻法设计出的药物一定是化学结构已知的化合物_____ 34. 当药物作用靶点未知时，可以采用分子碎片法来设计新的药物分子_____
35.分子动力学主要用于计算分子间反应的反应速度 36.利用计算机分子模型技术,可以模拟药物与受体之间的相互作用 37.如果设计出的药物分子是新化学实体(NCEs),该过程就称为全新药物设计 选择填空题(单选题) 1.由实验方法 可以求得药物分子的三维结构,并与生物条件下体液中的分子状态 较为接近 A.X-射线晶体学B.核磁共振技术C.质谱技术D.DNA重组技术 2.靶点结构未知时,可以用 方法设计新的药物分子 A.直接药物设计B.间接药物设计C.全新药物设计 比较分子力场分析( COMFA)方法属于 A.2 D-QSAR B.3D- QSAR C.全新药物设计D.三维结构搜寻 4.可以用_A方法计算分子的结构、总能量、分子轨道形状、能量和电势:B方 法计算分子的构象和能量;C方法计算分子的能量最低构象和运动轨迹 A.量子化学B.分子力学C.分子动力学D.拓朴学E.计算机分子图形学 5.用 方法设计出的药物,是已知化学结构的化合物。 A.动力学算法B.模板定位法C.分子碎片法D.三维结构搜寻法 6.靶点结构已知时,可以直接考虑采用方法来设计新的药物分子。 A.对接法B.比较分子力场分析( CoMFA)方法C.活性类似物法(AAA法)D. 分子形状分析(MSA) 7._方法适用于靶点结构未知时设计新的药物分子 A.直接药物设计B.间接药物设计C.全新药物设计D、分子生长法 8.药物与受体间相互作用的主要因素是 A.分子间的空间识别B、分子间的离子键结合C、分子间的非共价键结合 D分子间的共价键结合 选择填空题(多选题) 药物与受体结合的作用有 A、氢键作用B、疏水作用C、静电作用D、共轭作用E、诱导作用 2.影响药物与受体结合的立体因素有 A、光学异构 B、顺反异构 C、构象异构D、互变异构 问谷题 1、假设你参与抗禽流感病毒新药研究,请拟定硏究方案。你该如何着手寻找抗病毒先 导物和有效药物? 2、2007年的 SCIENCE杂志上发表了题为“High- Resolution Crystal Structure of an
35. 分子动力学主要用于计算分子间反应的反应速度_____ 36. 利用计算机分子模型技术，可以模拟药物与受体之间的相互作用_____ 37. 如果设计出的药物分子是新化学实体（NCEs），该过程就称为全新药物设计_____ 选择填空题（单选题） 1. 由实验方法 ，可以求得药物分子的三维结构，并与生物条件下体液中的分子状态 较为接近。 A．X-射线晶体学 B. 核磁共振技术 C. 质谱技术 D. DNA 重组技术 2. 靶点结构未知时，可以用 方法设计新的药物分子。 A．直接药物设计 B. 间接药物设计 C. 全新药物设计 3. 比较分子力场分析（CoMFA）方法属于 方法。 A．2D-QSAR B. 3D-QSAR C. 全新药物设计 D. 三维结构搜寻 4. 可以用 A 方法计算分子的结构、总能量、分子轨道形状、能量和电势； B 方 法计算分子的构象和能量； C 方法计算分子的能量最低构象和运动轨迹。 A．量子化学 B. 分子力学 C. 分子动力学 D. 拓朴学 E. 计算机分子图形学 5. 用 方法设计出的药物，是已知化学结构的化合物。 A．动力学算法 B. 模板定位法 C. 分子碎片法 D. 三维结构搜寻法 6. 靶点结构已知时，可以直接考虑采用 方法来设计新的药物分子。 A．对接法 B. 比较分子力场分析（CoMFA）方法 C. 活性类似物法（AAA 法） D. 分子形状分析（MSA） 7. 方法适用于靶点结构未知时设计新的药物分子。 A．直接药物设计 B. 间接药物设计 C. 全新药物设计 D、分子生长法 8. 药物与受体间相互作用的主要因素是 。 A．分子间的空间识别 B、分子间的离子键结合 C、分子间的非共价键结合 D 分子间的共价键结合 选择填空题（多选题） 1. 药物与受体结合的作用有 。 A、氢键作用 B、疏水作用 C、静电作用 D、共轭作用 E、诱导作用 2. 影响药物与受体结合的立体因素有 。 A、光学异构 B、顺反异构 C、构象异构 D、互变异构 问答题 1、 假设你参与抗禽流感病毒新药研究，请拟定研究方案。你该如何着手寻找抗病毒先 导物和有效药物？ 2、 2007 年的 SCIENCE 杂志上发表了题为“High-Resolution Crystal Structure of an
Engineered Human2- Adrenergic G Protein- Coupled Receptor”的论文,这是 在G-蛋白偶联受体结构研究上取得的重大进展,被评为当年十大科学进展之一。该 论文测定了T4溶菌酶稳定化的β受体与卡拉洛尔复合物的晶体结构,得到了受体 由非活性态转化为活化态的模型。试论此项研究对于新药研究与开发所产生的意 3、化合物125和278是待开发的逆转录酶抑制剂类抗艾滋病药物。体外药效表明它们 对耐药病毒株的IC。值很小,同进有很高的ICa/ECs比值,但水溶性极小。试分析 (1)如何对它们进行结构优化,以改善药物的水溶性?(2)还可尝试哪些药物增 溶的方法? HN、N、NH 4、唾液酸酶( sialidase)是一种苷水解酶,可催化水解出以α-苷键连接在糖复合物中的唾 液酸( sialic acid)。唾液酸主要是N-乙酰基神经氨酸( N-acetyl- neuraminic acid, Neu5A∞)。唾液酸酶对病毒感染和传播非常关键。硏究发现一个非选择性唾液酸酶 抑制剂2-去氧-2,3-双去氢-DN-乙酰基神经氨酸( Neusac2en)(结构式见左图),对 流感病毒唾液酸酶有抑制作用,但对动物感染模型无效。通过计算机分子模拟得到 Neu5Ac2en与唾液酸酶的分子作用模型(见右图)。试以 Neu5ac2en为先导化合物 对此结构进行优化,设计出一、二个新分子,以增强药物与靶酶的作用强度, ng371 COoH AcNH Neu5Ac2en Arg 118 Glu 119 Gu227 5、药物与受体相互作用的本质是什么? 6、试以抗SARS药物为例,谈谈可从何入手进行基于结构的药物设计? 7、基于结构的非共价结合的酶抑制剂的设计思想? 8、先导化合物的发现有哪些途径 9、什么是前药?什么是孪药?请各举一例说明
Engineered Human β2 -Adrenergic G Protein–Coupled Receptor”的论文，这是 在 G-蛋白偶联受体结构研究上取得的重大进展，被评为当年十大科学进展之一。该 论文测定了 T4 溶菌酶稳定化的 β2 受体与卡拉洛尔复合物的晶体结构，得到了受体 由非活性态转化为活化态的模型。试论此项研究对于新药研究与开发所产生的意 义。 3、 化合物 125 和 278 是待开发的逆转录酶抑制剂类抗艾滋病药物。体外药效表明它们 对耐药病毒株的 IC50 值很小，同进有很高的 IC50/EC50 比值，但水溶性极小。试分析 （1）如何对它们进行结构优化，以改善药物的水溶性？（2）还可尝试哪些药物增 溶的方法？ N O N NH CN CN Br NH2 N HN N NH CN CN 125 278 4、 唾液酸酶(sialidase)是一种苷水解酶，可催化水解出以-苷键连接在糖复合物中的唾 液酸(sialic acid)。唾液酸主要是 N-乙酰基神经氨酸(N-acetyl-neuraminic acid, Neu5Ac)。唾液酸酶对病毒感染和传播非常关键。研究发现一个非选择性唾液酸酶 抑制剂 2-去氧-2,3-双去氢-D-N-乙酰基神经氨酸(Neu5Ac2en)（结构式见左图），对 流感病毒唾液酸酶有抑制作用，但对动物感染模型无效。通过计算机分子模拟得到 Neu5Ac2en 与唾液酸酶的分子作用模型（见右图）。试以 Neu5Ac2en 为先导化合物， 对此结构进行优化，设计出一、二个新分子，以增强药物与靶酶的作用强度。 5、 药物与受体相互作用的本质是什么？ 6、 试以抗 SARS 药物为例，谈谈可从何入手进行基于结构的药物设计？ 7、 基于结构的非共价结合的酶抑制剂的设计思想？ 8、 先导化合物的发现有哪些途径？ 9、 什么是前药？什么是孪药？请各举一例说明
