三、DNA结合基序 • 对各种转录因子的序列进行比较，可发 现其基序（motif）的共同点是都与DNA 结合。 • 基序通常很短，仅为蛋白质结构的一小 部分
三、DNA结合基序 • 对各种转录因子的序列进行比较，可发 现其基序（motif）的共同点是都与DNA 结合。 • 基序通常很短，仅为蛋白质结构的一小 部分
典型的DNA结合基序包括： • 锌指结构（zinc finger）基序 • 螺旋-环-螺旋（helix-loop-helix, HLH) • 亮氨酸拉链（leucine zipper)
典型的DNA结合基序包括： • 锌指结构（zinc finger）基序 • 螺旋-环-螺旋（helix-loop-helix, HLH) • 亮氨酸拉链（leucine zipper)
锌指基序 • 锌指基序是由保守氨基酸的小基团与锌 离子结合形成类似手指状的DNA结合结 构域。 • 锌指基序是DNA结合蛋白的一个通用基 序，锌指结构通常由相对独立的结构域 串连重复排列在一起而形成
锌指基序 • 锌指基序是由保守氨基酸的小基团与锌 离子结合形成类似手指状的DNA结合结 构域。 • 锌指基序是DNA结合蛋白的一个通用基 序，锌指结构通常由相对独立的结构域 串连重复排列在一起而形成
• 通用转录因子SP1有一个DNA结合域， 含3个锌指基序
• 通用转录因子SP1有一个DNA结合域， 含3个锌指基序
Figure 21.4 Zinc fingers may form a-helices that insert into the major groove,associated with B-sheets on the other side. Forms Forms B-sheet a-helix
Figure 21.5 The first finger of a steroid receptor controls specificity of DNA-binding(positions shown in red);the second finger controls specificity of dimerization(positions shown in blue).The expanded view of the first finger shows that discrimination between GRE and ERE target sequences rests on two amino acids at the base. ○○ DNA binding Dimerization
Cys Cys 2n++ Ser ■■■ Cys Cys Glucocorticoid Estrogen specificity specificity Same sequence in both receptors Different sequence in each receptor
• 已知的锌指结构主要发现于促进RNA聚合 酶II和RNA聚合酶III转录的转录因子中。 • 典型的锌指蛋白—TFⅡA与5S rRNA基因及 产物5S rRNA都结合
• 已知的锌指结构主要发现于促进RNA聚合 酶II和RNA聚合酶III转录的转录因子中。 • 典型的锌指蛋白—TFⅡA与5S rRNA基因及 产物5S rRNA都结合
螺旋-环-螺旋结构 • 此基序长40－50个氨基酸残基，其中含两 个既亲水又亲脂的α-螺旋 ，α-螺旋被不同 长度的环（连接区）分开。 • 大多数HLH蛋白有一与HLH基序相邻的强碱 性的区域，它是与DNA结合必需的，含有 此区的HLH称为bHLH蛋白
螺旋-环-螺旋结构 • 此基序长40－50个氨基酸残基，其中含两 个既亲水又亲脂的α-螺旋 ，α-螺旋被不同 长度的环（连接区）分开。 • 大多数HLH蛋白有一与HLH基序相邻的强碱 性的区域，它是与DNA结合必需的，含有 此区的HLH称为bHLH蛋白
bHLH proteins dimerize and bind DNA Nonbasic HLH proteins prevent DNA-binding HLH HLH Basic No basic MyoD/E12 E12/ld or or Ac-S/da AC-S/emc Insufficient affinity to bind to DNA