第十章 微生物的分类和鉴定 ◼ 目前所知道的微生物种数已超过了十万种，这还是一 个正在急剧扩大着的数字。微生物分类学(microbial taxonomy)是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成 条理清楚的各种分类单元或分类群(taxon)的科学。它 的具体任务有三 ， 即分类 (classification) 、 鉴 定 (identification)和命名(nomenclature)
第十章 微生物的分类和鉴定 ◼ 目前所知道的微生物种数已超过了十万种，这还是一 个正在急剧扩大着的数字。微生物分类学(microbial taxonomy)是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成 条理清楚的各种分类单元或分类群(taxon)的科学。它 的具体任务有三 ， 即分类 (classification) 、 鉴 定 (identification)和命名(nomenclature)
第一节 通用分类单元 ◼ 一、种以上的系统分类单元 ◼ （一）七级分类单元 ◼ 种以上的系统分类单元（taxon或category，也称分类 阶元或分类群）自上而下依次可分七级，即； ◼ 界Kingdom（拉：Regnum） ◼ 门Phylum（拉：Phylum）或Division（拉：Divisio） ◼ 纲Class（拉：Clsssis） ◼ 目Order（拉：Ordo） ◼ 科Family（拉：Familia） ◼ 属Genus（拉：Genus） ◼ 种Species（拉：Species）
第一节 通用分类单元 ◼ 一、种以上的系统分类单元 ◼ （一）七级分类单元 ◼ 种以上的系统分类单元（taxon或category，也称分类 阶元或分类群）自上而下依次可分七级，即； ◼ 界Kingdom（拉：Regnum） ◼ 门Phylum（拉：Phylum）或Division（拉：Divisio） ◼ 纲Class（拉：Clsssis） ◼ 目Order（拉：Ordo） ◼ 科Family（拉：Familia） ◼ 属Genus（拉：Genus） ◼ 种Species（拉：Species）
◼ 科级以上分类单元的名称是拉丁或希腊词源的名词、 用作名词的形容词或一个拉丁化的外来词，应是阴性、 复数并且首字母用大写。实际上，在现代细菌命名中， 科以上各分类单元都采用阴性和复数的形容词形式作 名词使用，例如Pseudomonadaceae（假单胞菌科） 等。 ◼ （二）种的概念 ◼ 在微生物尤其在原核类微生物中，种的定义是极其难 定的，至今还找不到一个公认的、明确的种的定义。 可以认为，种是一个基本分类单元，它是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其它种 有着明显差异的菌株的总称。在微生物中，一个种只 能用该种内的一个典型菌株（type strain）来作具体 标本，故这一典型菌株就是该种的模式种（type species）。 第一节 通用分类单元
◼ 科级以上分类单元的名称是拉丁或希腊词源的名词、 用作名词的形容词或一个拉丁化的外来词，应是阴性、 复数并且首字母用大写。实际上，在现代细菌命名中， 科以上各分类单元都采用阴性和复数的形容词形式作 名词使用，例如Pseudomonadaceae（假单胞菌科） 等。 ◼ （二）种的概念 ◼ 在微生物尤其在原核类微生物中，种的定义是极其难 定的，至今还找不到一个公认的、明确的种的定义。 可以认为，种是一个基本分类单元，它是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其它种 有着明显差异的菌株的总称。在微生物中，一个种只 能用该种内的一个典型菌株（type strain）来作具体 标本，故这一典型菌株就是该种的模式种（type species）。 第一节 通用分类单元
第一节 通用分类单元 ◼ 在微生物学中，至今种的范围还无法确定。由 于在微生物中，尤其在原核生物中的种只是一 大群性状极其相同的菌株的总称，所以在微生 物学中的“种”至今还只是一个抽象的概念。 在这里，具体的种是指能代表这个种的各典型 性状的一个被指定的菌株亦即模式菌株。 ◼ 随着微生物分类学的发展，人们越来越清楚地 看到种的定义应建立在遗传物质即DNA鉴定的 基础上，把DNA同源性的大小作为划分种的标 准
第一节 通用分类单元 ◼ 在微生物学中，至今种的范围还无法确定。由 于在微生物中，尤其在原核生物中的种只是一 大群性状极其相同的菌株的总称，所以在微生 物学中的“种”至今还只是一个抽象的概念。 在这里，具体的种是指能代表这个种的各典型 性状的一个被指定的菌株亦即模式菌株。 ◼ 随着微生物分类学的发展，人们越来越清楚地 看到种的定义应建立在遗传物质即DNA鉴定的 基础上，把DNA同源性的大小作为划分种的标 准
第一节 通用分类单元 ◼ 在讨论种的问题时，还要介绍一个“新种” （sp.nov.或nov.sp.，是species nova的缩 写）的概念。如果某分类工作者在实际工作中 获得并鉴定了一个新种，当他按命名规则进行 命名并发表时，应在其学名后附上“sp.nov.” 符号。例如，由我国学者筛选到的谷氨酸发酵 新 菌 种 Corynebacterium pekinense sp.nov.AS1.299（北京棒杆菌AS1.299，新 种）和C.crenatum sp.nov.AS1.542（钝齿棒 杆菌AS1.542，新种），等等
第一节 通用分类单元 ◼ 在讨论种的问题时，还要介绍一个“新种” （sp.nov.或nov.sp.，是species nova的缩 写）的概念。如果某分类工作者在实际工作中 获得并鉴定了一个新种，当他按命名规则进行 命名并发表时，应在其学名后附上“sp.nov.” 符号。例如，由我国学者筛选到的谷氨酸发酵 新 菌 种 Corynebacterium pekinense sp.nov.AS1.299（北京棒杆菌AS1.299，新 种）和C.crenatum sp.nov.AS1.542（钝齿棒 杆菌AS1.542，新种），等等
◼ 二、学名 ◼ 每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名 （common name）和学名（scientific name）两种。 俗名指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和 大众化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使 用范围局限，例如“结核杆菌”(tubercle bacillus)用 于表示Mycobacterium tuberculosis（结核分支杆 菌），“绿脓杆菌”表示Pseudomonas aeruginosa （铜绿假单胞菌）等等。而学名则指一个菌种的科学 名称，它是按照《国际细菌命名法规》命名的、国际 学术界公认并通用的正式名字。一个种的学名是用拉 丁词或拉丁化的词组成的。在出版物中应排成斜体字， 在书写或打字时，应在学名之下划一横线，以表示它 应是斜体字母。根据双名法的规则，学名通常由一个 属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学 名，在此两者之后往往还加上首次定名人（用括号括 住）、现名定名人和现名定名年份，但在一般使用时， 这几个部分总是省略的。即：
◼ 二、学名 ◼ 每一种微生物都有一个自己的名字，名字有俗名 （common name）和学名（scientific name）两种。 俗名指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和 大众化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使 用范围局限，例如“结核杆菌”(tubercle bacillus)用 于表示Mycobacterium tuberculosis（结核分支杆 菌），“绿脓杆菌”表示Pseudomonas aeruginosa （铜绿假单胞菌）等等。而学名则指一个菌种的科学 名称，它是按照《国际细菌命名法规》命名的、国际 学术界公认并通用的正式名字。一个种的学名是用拉 丁词或拉丁化的词组成的。在出版物中应排成斜体字， 在书写或打字时，应在学名之下划一横线，以表示它 应是斜体字母。根据双名法的规则，学名通常由一个 属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学 名，在此两者之后往往还加上首次定名人（用括号括 住）、现名定名人和现名定名年份，但在一般使用时， 这几个部分总是省略的。即：
◼ 学名=属名＋种的加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋定名年份 ◼ 必要，用斜体排字 可省略，均用正体排字 ◼ 例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） ◼ Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers 1919 ◼ 例2：金黄色葡萄球菌 ◼ Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
◼ 学名=属名＋种的加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋定名年份 ◼ 必要，用斜体排字 可省略，均用正体排字 ◼ 例1：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） ◼ Escherichia coli(Migula)Castellani et Chalmers 1919 ◼ 例2：金黄色葡萄球菌 ◼ Staphylococcus aureus Rosenbach 1884
◼ 现将有关学名的若干规定与常识介绍如下： ◼ ①属（或亚属）名：是一个表示该种微生物主要特征的名 次或用作名次的形容词，单数，其第一个字母应该大写。 其词源可来自于拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词， 也可以组合方式形成。 ◼ 在前后有两个或数个学名排在一起，且在其属名相同的情 况下，后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号 的形式，如Bacillus（芽孢杆菌属）可写成“B.” ， Streptomyces（链霉菌属）可缩写成“S.”等等。 ◼ ②种的加词：代表一个种的次要特征，同样由拉丁词、希 腊词或拉丁化的外来词所组成。字首一律小写（即使它是 由某一人名衍化而来，首字母也不应大写）。它可以是一 个形容词或名词。如果是形容词，其性必须与其形容的属 名的性相一致，例如在Staphylococcus aureus（金黄色 葡萄球菌）中的aureus为阳性。在出版物中，种的加词 与属名一起均应排成斜体。 ◼ ③学名的发音：按规定，学名均应按拉丁字母发音规则发 音
◼ 现将有关学名的若干规定与常识介绍如下： ◼ ①属（或亚属）名：是一个表示该种微生物主要特征的名 次或用作名次的形容词，单数，其第一个字母应该大写。 其词源可来自于拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词， 也可以组合方式形成。 ◼ 在前后有两个或数个学名排在一起，且在其属名相同的情 况下，后一学名中的属名可缩写成一个大写字母加一句号 的形式，如Bacillus（芽孢杆菌属）可写成“B.” ， Streptomyces（链霉菌属）可缩写成“S.”等等。 ◼ ②种的加词：代表一个种的次要特征，同样由拉丁词、希 腊词或拉丁化的外来词所组成。字首一律小写（即使它是 由某一人名衍化而来，首字母也不应大写）。它可以是一 个形容词或名词。如果是形容词，其性必须与其形容的属 名的性相一致，例如在Staphylococcus aureus（金黄色 葡萄球菌）中的aureus为阳性。在出版物中，种的加词 与属名一起均应排成斜体。 ◼ ③学名的发音：按规定，学名均应按拉丁字母发音规则发 音
◼ 三、亚种以下的分类单元 ◼ 亚种以下的分类单元(infrasubspecific taxa)很多，它的 提出和使用均不受细菌命名法规的限制。 ◼ （一）亚种(subspecies，subsp.，ssp.) ◼ 是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而稳定的特征 与模式种不同的种。 ◼ （二）变种(variety，var.) ◼ 变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故《国际细菌命名 法规》（1975）已规定它在命名法中没有地位，且不主 张使用。 ◼ （三）型 ◼ 在亚种以下的“型”(form)曾用于表示细菌菌株，但目前 已废除。目前尚在使用的是以“型”作后缀使用，例如生 物变异型、化学型等
◼ 三、亚种以下的分类单元 ◼ 亚种以下的分类单元(infrasubspecific taxa)很多，它的 提出和使用均不受细菌命名法规的限制。 ◼ （一）亚种(subspecies，subsp.，ssp.) ◼ 是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而稳定的特征 与模式种不同的种。 ◼ （二）变种(variety，var.) ◼ 变种是亚种的同义词，因易引起混乱，故《国际细菌命名 法规》（1975）已规定它在命名法中没有地位，且不主 张使用。 ◼ （三）型 ◼ 在亚种以下的“型”(form)曾用于表示细菌菌株，但目前 已废除。目前尚在使用的是以“型”作后缀使用，例如生 物变异型、化学型等
◼ （四）类群（group） ◼ 是一个在分类上没有地位的变通名词，它可非正式地指 定一组具有某些共同性状的生物。 ◼ （五）菌株（strain） ◼ 菌株又称品系（在病毒中则称毒株或株），表示任何由 一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的 纯种群体及其一切后代。 ◼ （六）小种(race) ◼ 又称品种、宗或生产小系等，它的涵义很乱，在真菌学 中常相当于生理型，在动物中常指生态型，而在发酵工 业中，则常指自生产中选育出来的自发突变菌株。 ◼ （七）相(phase) ◼ （八）态(state) ◼ 通常指微生物的菌落变异状态，如粗糙、光滑或粘液状 等
◼ （四）类群（group） ◼ 是一个在分类上没有地位的变通名词，它可非正式地指 定一组具有某些共同性状的生物。 ◼ （五）菌株（strain） ◼ 菌株又称品系（在病毒中则称毒株或株），表示任何由 一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的 纯种群体及其一切后代。 ◼ （六）小种(race) ◼ 又称品种、宗或生产小系等，它的涵义很乱，在真菌学 中常相当于生理型，在动物中常指生态型，而在发酵工 业中，则常指自生产中选育出来的自发突变菌株。 ◼ （七）相(phase) ◼ （八）态(state) ◼ 通常指微生物的菌落变异状态，如粗糙、光滑或粘液状 等