GD0U-B-11-213 《生物信息学》实验教学大纲 课程编号1340068学分2总学时36理论16实验/上机20 英文课程名 Molecular Biology 开课院 农学院开课系 生物技术 修订时间2005年09月10日 课程简介 生物信息学是牛物技术专业的洗锋课程。生物信息学是一门交叉学科。是现代生物学研穷的币要工且 本课程系统地概括了该学科的核心内容，包括生物信息学内容，研究历史和发展趋势、基因组计划及基因 组数据库的主要图谱、生物学数据库的类型、数据库的查询和数据库的搜索、序列的同源性比较及分子系 统学、分子进化分析、生物芯片和蛋白质组学等主要内容。 课程大纲 课程的性质与任务 本课程是生物技术专业的专业选修课。通过系统的学习与实验，使学生能够掌握生物信息学的基础知 识与概念，生物信息学内容，研究历史和发展趋势、基因组计划及基因组数据库的主要图谱、生物学数据 库的类型、数据库的查询和数据库的搜索、序列的同源性比较及分子系统学、分子进化分析、生物芯片和 蛋白质组学等主要内容。 、 课程的基本要求 要求学生了解生物信息学网络资源，数据的获得分析及DNAMAN软件的操作方法。 三、 面向专业 生物技术专业 四、 先修课程 分子生物学、基因工程原理 五、 本课程与其它课程的联系 生物信息学是对用分子生物学和基因工程原理所获得的结果进行分析的一门工具课程。它能加深学生 对分子生物 的理解及更加熟练地用生物信息学的方法来解决基因工程中的技术问题。对蛋白质工程及制 药工程也具有帮助。 六、实验名称与类别： 序号 实验内容 学时 1文献信息的查找和序列数据的查询 水稻基因组中的各种图谱的检索及含义 3 BLAST及多序列比对 4 Aw4AN饮件绘制物理圆善 5 DNAMAN软件的其它应用 4 (六)考试 6 设计一方案，从网上下载一个基因序列，并设计引物，用PCR方法扩增目的是 因，将目的基因用大肠杆菌载体进行表达或将目的基因导入植物中。 七、实验目的、 内容与要求 实验1文献信息的查找和序列数据的查询(2) 实验目的：了解NCBL,学会文献检索和核酸和蛋白质数据检索，并理解结果。 实验内容：讲解NCBI中所包含的内容，学会文献数据库的基本查询检索方法，并将下载的文献。掌握NCBI A11 datahases检索工且，并拾索有关的核酸和蛋白质的数据 实验要求：了解NCBL,掌握NCBI中文献检索和核酸和蛋白质数据检索，并理解结果。 实验2水稻基因组中的各种图谱的检索及含义（②） 实验目的：理解基因组文库中的各种数据及含义。 实验内容：从CBI网站中找出水稻的物理图谱、遗传图谱、表达图谱等，并理解其含义。 实验要求：理解水稻基因组计划中的各种图谱，学会寻找图谱
《生物信息学》实验教学大纲 课程编号 1340068 学分 2 总学时 36 理论 16 实验/上机 20 英文课程名 Molecular Biology 开课院 农学院 开课系 生物技术 修订时间 2005 年 09 月 10 日 课 程 简 介 生物信息学是生物技术专业的选修课程。生物信息学是一门交叉学科，是现代生物学研究的重要工具。 本课程系统地概括了该学科的核心内容，包括生物信息学内容，研究历史和发展趋势、基因组计划及基因 组数据库的主要图谱、生物学数据库的类型、数据库的查询和数据库的搜索、序列的同源性比较及分子系 统学、分子进化分析、生物芯片和蛋白质组学等主要内容。 课 程 大 纲 一、 课程的性质与任务 本课程是生物技术专业的专业选修课。通过系统的学习与实验，使学生能够掌握生物信息学的基础知 识与概念，生物信息学内容，研究历史和发展趋势、基因组计划及基因组数据库的主要图谱、生物学数据 库的类型、数据库的查询和数据库的搜索、序列的同源性比较及分子系统学、分子进化分析、生物芯片和 蛋白质组学等主要内容。 二、 课程的基本要求 要求学生了解生物信息学网络资源，数据的获得分析及 DNAMAN 软件的操作方法。 三、 面向专业 生物技术专业 四、 先修课程 分子生物学、基因工程原理 五、 本课程与其它课程的联系 生物信息学是对用分子生物学和基因工程原理所获得的结果进行分析的一门工具课程。它能加深学生 对分子生物学的理解及更加熟练地用生物信息学的方法来解决基因工程中的技术问题。对蛋白质工程及制 药工程也具有帮助。 六、实验名称与类别: 序号 实验内容 学时 1 文献信息的查找和序列数据的查询 2 2 水稻基因组中的各种图谱的检索及含义 2 3 BLAST 及多序列比对 4 4 DNAMAN 软件绘制物理图谱 4 5 DNAMAN 软件的其它应用 4 6 （六）考试 设计一方案，从网上下载一个基因序列，并设计引物，用 PCR 方法扩增目的基 因，将目的基因用大肠杆菌载体进行表达或将目的基因导入植物中。 4 七、实验目的、内容与要求 实验 1 文献信息的查找和序列数据的查询(2) 实验目的：了解 NCBI，学会文献检索和核酸和蛋白质数据检索，并理解结果。 实验内容：讲解 NCBI 中所包含的内容，学会文献数据库的基本查询检索方法，并将下载的文献。掌握 NCBI Alldatabases 检索工具，并检索有关的核酸和蛋白质的数据。 实验要求：了解 NCBI，掌握 NCBI 中文献检索和核酸和蛋白质数据检索，并理解结果。。 实验 2 水稻基因组中的各种图谱的检索及含义(2) 实验目的：理解基因组文库中的各种数据及含义。 实验内容：从 NCBI 网站中找出水稻的物理图谱、遗传图谱、表达图谱等，并理解其含义。 实验要求：理解水稻基因组计划中的各种图谱，学会寻找图谱。 GDOU-B-11-213
实验3 BLAST及多序列比对(4学时) 实验目的：学习序列比对工具BLAST、DNAMAN等的使用，能够对序列数据进行初步的分析。 实验内容：根据需要选择BLAST的方式及各种参数，用DNAMAN进行多序对比，并构建系统发树。序列的 提交Bankit的使用 实验要求：对给定的未知序列进行对库搜索，进行序列的对比分析，构建系统发育树。 实验4 DNAMAN软件绘制物理图谱(4) 实验目的：DNAMAN软件绘制物理图谱。 实验内容：DNAMAN软件绘制物理图普 实验要求：从NCBI网站上下载 一个基因工程载体，并绘制物理图谱。 实验5 DNAMAN软件的其它应用(4 实验目的：DNAMAN的其它功能。 实验内容：DNAMAN软件中物理图谱的制作、数据的转换、PCR引物的设计等。 实验要求：学会PCR引物的设计，物理图谱的制各及DNAMAN的其它功能。 实验6考试 设计 一方案 从网上下载 一个基因序列，并设计引物，用PCR方法扩增目的基因，将目的基因用大肠杆南 载体进行表达或将目的基因导入植物中。 八、教材与参考书： 本课程选用教材： 拟国屏等编《生物信息学》科学出版社，2002 本课程推荐参考书： 张成岗，贺福初《生物信息学》科学出版社2002 九、考核方式： 实验结果评定成绩。 执笔：胡汉桥 审核： 批淮人： 时间
实验 3 BLAST 及多序列比对（4 学时） 实验目的：学习序列比对工具 BLAST、DNAMAN 等的使用，能够对序列数据进行初步的分析。 实验内容：根据需要选择 BLAST 的方式及各种参数，用 DNAMAN 进行多序对比，并构建系统发树。序列的 提交 Bankit 的使用。 实验要求：对给定的未知序列进行对库搜索，进行序列的对比分析，构建系统发育树。 实验 4 DNAMAN 软件绘制物理图谱(4) 实验目的：DNAMAN 软件绘制物理图谱。 实验内容：DNAMAN 软件绘制物理图谱。 实验要求：从 NCBI 网站上下载一个基因工程载体，并绘制物理图谱。 实验 5 DNAMAN 软件的其它应用(4) 实验目的：DNAMAN 的其它功能。 实验内容：DNAMAN 软件中物理图谱的制作、数据的转换、PCR 引物的设计等。 实验要求：学会 PCR 引物的设计，物理图谱的制备及 DNAMAN 的其它功能。 实验 6 考试 设计一方案，从网上下载一个基因序列，并设计引物，用 PCR 方法扩增目的基因，将目的基因用大肠杆菌 载体进行表达或将目的基因导入植物中。 八、教材与参考书： 本课程选用教材： 赵国屏等编 《生物信息学》科学出版社，2002 本课程推荐参考书： 张成岗，贺福初 《生物信息学》 科学出版社 2002 九、考核方式: 实验结果评定成绩。 执笔:胡汉桥 审核: 批准人: 时间:
