基因组信号处理 郭锋彪 微生物基因组信息学课题组 cefg.uestc.cn 11/23/2020
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本章内容 第一节：基因组序列的重复及点阵分析 第二节：基因序列的周期性与傅里叶变换 第三节：基因组片段中的保守信号及Iog图与 权重矩阵
本章内容 第一节：基因组序列的重复及点阵分析 第二节：基因序列的周期性与傅里叶变换 第三节：基因组片段中的保守信号及log图与 权重矩阵 微生物基因组信息学课第一节题组 .cn
基因组与人类基因组计划 all the genetic BIOLOGY PHYSICS material contained in an CHEMISTRY ETHICS organism's DNA ENGINEERING NFORMATICS 人类基因组计划由美国科学 H 家于1985年率先提出，于 1990年正式启动的。美国、 genome 英国、法国、德国、日本和 我国科学家共同截止到2003 年4月14日，人类基因组计 划的测序工作己经完成
基因组与人类基因组计划 微生物基因组信息学课第一节题组 .cn 人类基因组计划由美国科学 家于1985年率先提出，于 1990年正式启动的。美国、 英国、法国、德国、日本和 我国科学家共同截止到2003 年4月14日，人类基因组计 划的测序工作已经完成
人类基因组下载网址 C现小yX不 如何下载人类的参考基因组和注释文件 4300万+的博 题刘兴义量后发布于2019-04-10152227连数3424☆收海 ·1500万+的 开 参考基因组概况 参考基因组下载的网站主要有3个NCBL,E5embl,UCSC,一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M,解压后大于 等于36. NCBI Ensembl ucsc GRCh36 release52 hgl8 GRCh37 feea5t_5961y64/686975 hg19 GRCh38 release7677788081/82 hg38 基因组的主要版本对应关系 参考基因组下载过程 UCSC下载参考基因组 网t址：http/genome..ucsc.edu/ 点击次序(>本网页点击：)：dowloads-->Genome Data>>Human->full data https://blog.csdn.net/shandg_Ixy/article/details/89182341
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基因组序列 L10L20山L30L40L50 2L10L20L3040L5 1 >chr1 200 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 2 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 201 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 3 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 202 taaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccta 4 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 203 accctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaac S NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 204 cctaacccaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccc 6 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 205 taaccctaaccctaaccctaaccctaacctaaccctaaccctaaccctaa 7 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 206 ccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccctaaccctaaccctaaa S NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 207 ccctaaaccctaaccctaaccetaaccctaaccctaaccccaaccccaac 9 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 208 cccaaccccaaccccaaccccaaccctaacccctaaccctaaccctaacc LO NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 209 ctaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaaccctaacccctaacccc 11 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 210 taaccctaaccctaaccctaaccetaaccctaaccctaacccctaaccet 12 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 211 aaccctaaccetaacectegeggtaccetcageeggecegeccgeceggg 13 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 212 tetgacctgaggagaactgtgctccgccttcagagtaccacegaaatctg 14 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 213 tgcagaggacaacgcagetccgccctegeggtgctctecgggtctgtget 15 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 214 gaggagaacgcaactccgccgttgcaaaggcgegccgcgccggcgcaggc 16 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 21s geagagaggegegeegegeeggegcaggegeagagaggegegecgegeeg 17 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 216 gegcaggcgcagagaggcgegcegegecggcgeaggegcagagaggegeg 18 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 217 cegcgceggegcaggegeagagaggcgegeegegecggegeaggegcaga 19 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 20 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 218 cacatgetagegegtcggggtggaggegtggegcaggegcagagaggegc 21 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 219 gccgegccggcgcaggcgcagagacacatgctaccgcgtccaggggtgga 220 ggegtggegcaggegeagagaggegcacegcgecggegcaggegcagaga 22 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 221 cacatgctagegcgtccaggggtggagacqtggcgcaggcqcagagacgc 23 222 24 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN aagectacgggegggggt tgggggggegtgtgttgcaggagcaaagtcgc 223 25 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN acggcgcegggetggggeggggggagggtggcgccgtgcacgcgcagaaa 26 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 224 ctcacqtcacggtggcgcggcgcagagacgggtagaacctcagtaatccg 27 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 225 aaaageegggategacegceccttgcttgcageegggcactacaggacce 28 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 226 gcttgctcacggtgctgtgccagggcgccccctgctggcgactagggcaa 29 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 227 ctgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgceccctgctggcgcc 30 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 228 ggggcactgcagggccctcttgettactgtatagtggtggcacgeegeet 31 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 229 gctaacagctagggacattacagaatcctcttactcaagatgtaqtggca 32 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 230 gcacgcccacctgetggeagetggggacactgccgggccctcttgctccA 33 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 231 ACAGTACTGGCGGATTATAGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTC 34 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 232 TCAGtagactcctaaatatgggattcctgggtttaaaagtaaaaaataaa
基因组序列
基因组内的序列重复 高度重复序列 重复几百到几百万次，一般少于10个核苷酸残基。在小鼠中约 占基因组的10%，在人基因组中约占20%。 中度重复序列 重复次数为十次到几百次。如RNA基因、tRNA基因和某些蛋 白质（如组蛋白、肌动蛋白、角蛋白等）的基因。在小鼠中约占 20%0 轻度重复序列 重复2~10次的一些序列，例如tRNA基因和一些组蛋白基因。 单拷贝序列占到哺乳动物核酸含量的50%~60%
基因组内的序列重复 高度重复序列 重复几百到几百万次，一般少于10个核苷酸残基。在小鼠中约 占基因组的10%,在人基因组中约占20%。 中度重复序列 重复次数为十次到几百次。如rRNA基因、tRNA基因和某些蛋 白质（如组蛋白、肌动蛋白、角蛋白等）的基因。在小鼠中约占 20%。 轻度重复序列 重复2~10次的一些序列，例如tRNA基因和一些组蛋白基因。 单拷贝序列占到哺乳动物核酸含量的50%~60%
序列重复的类型 几种重复序列辨析（非正式名词解释）： 反向重复序列 5'AAAANNNNTTTT3' 两条链中以5-3方向读出来是一样的，两条 (Inverted repeat sequence) 3TTTTNNNNAAAA5' 链旅转对称。 回文序列 5'AAAATTTT3 当反向重复序列中没有NNNN时就称为回文 (Palindromic sequence) 3TTTTAAAA5' 序列，两条链旋转对称。 正向重读序列 5'ATCGNNNNATCG3 在同一条序列中有重复NNNN的前后序列都 (Direct repeats sequence) 3TAGCNNNNTAGC5' 是AAAA,中间的NNNN可有可无。 镜像重复序列 5'ATCGNNNNGCTA3 两条链都呈轴对称。 (Mirror repeats) 3TAGCNNNNCGAT5
序列重复的类型 RepeatMasker and Tandem Repeats Finder
序列重复的功能 a.参与复制水平的调节 b.参与基因表达的调控DNA c.几乎所有转位因子的末端都包括反向重复顺序 d.与进化有关不同种属的高度重复顺序的核苷酸序 列不同 e.同一种属中不同个体的高度重复顺序的重复次数 不一样，这可以作为每一个体的特征，即DNA指 纹。 f.a卫星DNA成簇的分布在染色体着丝粒附近
序列重复的功能 RepeatMasker and Tandem Repeats Finder a.参与复制水平的调节 b.参与基因表达的调控DNA c.几乎所有转位因子的末端都包括反向重复顺序 d.与进化有关不同种属的高度重复顺序的核苷酸序 列不同 e.同一种属中不同个体的高度重复顺序的重复次数 不一样，这可以作为每一个体的特征，即DNA指 纹。 f.α卫星DNA成簇的分布在染色体着丝粒附近