上海交通大学通识教育立项核心课程 课程名称：生物技术与人类课程号：B1906班级号：1311002 姓名： 亢若宇 学号： 5122029012专业：化学工程与工艺 阅读与理解 题目编号 得分 序 阅读文章名称 1 A new hominin foot from Ethiopia shows multiple Pliocene bipedal adaptations 2 Additive threats from pathogens,climate and land-use change for global amphibian diversity 3 Causes,consequences and ethics 4 Changing Arctic Ocean freshwater pathways 5 Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemia revealed by whole-genome sequencing 6 Comparing the yields of organic and conventional agriculture 7 Consequences of changing 8 Ecology drives a global network of gene exchange connecting the human microbiome 9 Emerging fungal threats to animal,plant and ecosystem health 10 Evolution of increased complexity in a molecular machine 11 Genetic contribution to stability and change in intelligence from childhood to old age 12 Getting the measure of biodiversity 13 Global patterns in biodiversity 14 Global warming preceded by increasing carbon dioxide concentrations during the last deglaciation 15 Insights into hominid evolution from the gorilla genome sequence 16 Prediction mutation outcome from early stochastic variation in genetic interaction partners 17 Rapid evolutionary divergence and ecotypic diversification of germination behavior in weedy rice populations 18 Recent contribution of glaciers and ice caps to sea level rise 19 Regeneration of whole fertile plants from 30000-y-old fruit tissue buried in Siberian permafrost 20 Reversal of cocaine-evoked synaptic potentiation resets drug-induced adaptive behaviour 21 Stability and complexity in model ecosystems 22 Stability criteria for complex ecosystems 23 Systematic conservation planning 24 The diversity-stability debate 25 The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses 26 Twenty-first-century warming of a large Antarctic ice-shelf cavity by a redirected coastal current 27 Will a Large Complex System be Stable
上海交通大学通识教育立项核心课程 课程名称： 生物技术与人类 课程号： BI 906 班级号： F1311002 姓名： 亢若宇 学号： 5122029012 专业： 化学工程与工艺 阅读与理解 题目编号 6 得分 序 号 阅读文章名称 1 A new hominin foot from Ethiopia shows multiple Pliocene bipedal adaptations 2 Additive threats from pathogens, climate and land-use change for global amphibian diversity 3 Causes, consequences and ethics 4 Changing Arctic Ocean freshwater pathways 5 Clonal evolution in relapsed acute myeloid leukaemia revealed by whole-genome sequencing 6 Comparing the yields of organic and conventional agriculture 7 Consequences of changing 8 Ecology drives a global network of gene exchange connecting the human microbiome 9 Emerging fungal threats to animal,plant and ecosystem health 10 Evolution of increased complexity in a molecular machine 11 Genetic contribution to stability and change in intelligence from childhood to old age 12 Getting the measure of biodiversity 13 Global patterns in biodiversity 14 Global warming preceded by increasing carbon dioxide concentrations during the last deglaciation 15 Insights into hominid evolution from the gorilla genome sequence 16 Prediction mutation outcome from early stochastic variation in genetic interaction partners 17 Rapid evolutionary divergence and ecotypic diversification of germination behavior in weedy rice populations 18 Recent contribution of glaciers and ice caps to sea level rise 19 Regeneration of whole fertile plants from 30000-y-old fruit tissue buried in Siberian permafrost 20 Reversal of cocaine-evoked synaptic potentiation resets drug-induced adaptive behaviour 21 Stability and complexity in model ecosystems 22 Stability criteria for complex ecosystems 23 Systematic conservation planning 24 The diversity–stability debate 25 The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses 26 Twenty-first-century warming of a large Antarctic ice-shelf cavity by a redirected coastal current 27 Will a Large Complex System be Stable
Verena Seufert.Comparing the yields of organic and conventional agriculture. Nature,2012.485:229-232 中文题目：比较有机和常规农业的产量 姓名：亢若宇 单位：上海交通大学化学化工学院，邮政编码：200240 前言 现如今，农业发展需要面对双重挑战。首先，随着全球人口的激增，农业必 须养活人类，而且现代对肉类和高热量的饮食需求也在日益上升，同时还必须最 大限度地减少其对世界的环境影响。在这样巨大的挑战下，人们纷纷把眼光转向 了对整个生态系统伤害极小的有机农业系统。有的人甚至将其视为最佳的解决方 案。然而，批评者则认为有机农业可能降低产量，因此需要更多的土地来生产与 传统农业下等量的食物，其结果反而导致更多森林砍伐和生物多样性损失，从而 破坏了有机农业的环境效益。在这样的时代背景下，针对有机与常规农业产量的 比较研究就显得尤为重要，（该问题即被称为“Comparing the yields of organic and conventional agriculture”)。而本文就是综合了过去的研究成果与理论阐述二者产量的 比较结果，得出较为权威与可靠的结论。 背景知识 本文是一篇文献综述性质的论文。首先，本文提到了目前在有机与传统农业 研究方面所存在的问题。一方面，二者之间的产量的差异是由很多种因素同时作 用而决定的。并且目前研究主要针对个体，而缺少综合全球范围内的信息去考虑 问题的意识。再将眼光放得更远，产量便仅仅是一系列生态，社会和经济效益评 估的一个环节而己。但一般论文仅仅阐述了其中一个条件下的收益率，却以偏概 全，总结整体有机农业与传统农业的产量问题。而另一方面，则是过去的不少研 究在方法或是原理上存在问题，从而得出了错误的结论。例如此类一篇研究1就 得出的结论是有机农业与传统产量相当，甚至超过了传统产量，并能对当前农业 土地提供充足的食物。于是针对这项研究有一些批评，包括使用有机作物不真实 的数据等等
Verena Seufert. Comparing the yields of organic and conventional agriculture. Nature, 2012. 485: 229-232 中文题目: 比较有机和常规农业的产量 姓名：亢若宇 单位：上海交通大学化学化工学院，邮政编码：200240 前言 现如今，农业发展需要面对双重挑战。首先，随着全球人口的激增，农业必 须养活人类，而且现代对肉类和高热量的饮食需求也在日益上升，同时还必须最 大限度地减少其对世界的环境影响。在这样巨大的挑战下，人们纷纷把眼光转向 了对整个生态系统伤害极小的有机农业系统。有的人甚至将其视为最佳的解决方 案。然而，批评者则认为有机农业可能降低产量，因此需要更多的土地来生产与 传统农业下等量的食物，其结果反而导致更多森林砍伐和生物多样性损失，从而 破坏了有机农业的环境效益。 在这样的时代背景下，针对有机与常规农业产量的 比较研究就显得尤为重要，（该问题即被称为“Comparing the yields of organic and conventional agriculture”）。而本文就是综合了过去的研究成果与理论阐述二者产量的 比较结果，得出较为权威与可靠的结论。 一 背景知识 本文是一篇文献综述性质的论文。首先，本文提到了目前在有机与传统农业 研究方面所存在的问题。一方面，二者之间的产量的差异是由很多种因素同时作 用而决定的。并且目前研究主要针对个体，而缺少综合全球范围内的信息去考虑 问题的意识。再将眼光放得更远，产量便仅仅是一系列生态，社会和经济效益评 估的一个环节而已。但一般论文仅仅阐述了其中一个条件下的收益率，却以偏概 全，总结整体有机农业与传统农业的产量问题。而另一方面，则是过去的不少研 究在方法或是原理上存在问题，从而得出了错误的结论。例如此类一篇研究 【1】就 得出的结论是有机农业与传统产量相当，甚至超过了传统产量，并能对当前农业 土地提供充足的食物。于是针对这项研究有一些批评，包括使用有机作物不真实 的数据等等
于是，本文采用了一个全面荟萃分析研究有机和常规的相对产量，选择比较 正式且能够令人信服的过去研究成果，在对现有数据的分析处理下，能够较好的 体现农业系统的全局信息，以弥补之前所提到的各项研究的不足。 二 创新点 1本文具有领先的着眼点，从全球层面上思考问题 本文站在了一个比较高的高度来研究分析有机农业与传统农业的产量问题， 是其最大的亮点。正如文章所提到的，过去的研究可能花费了不少的时间与精力， 但由于错误的思想方法或者是较小的样本容量，导致其结果并不能让人信服，同 时因为有机农业与传统农业的产量受到多方面因素的控制，得到的结论也并不具 有普遍性。 而本文宗旨则与之刚好相反，作者并没有做太多实地的考察或者实验，事实 上，由于农业发展面临问题的紧迫性，在该方面早就积累了十分丰富的数据，而 本文则是对这庞杂的数据进行分析判断以及在作者思想方法下整合处理。就分析 不同的作物为例，本文列举了不同作物类型、植物的类型等的影响，而就作物所 处条件而言，又存在长期研究、优秀管理等因素。其中 最能凸显本文较高着眼点的是，它能够在全球角度下去看待这个问题。因此， 作者不仅在从发达国家的角度出发去看待这个问题，同时顾及到了发展中国家相 关的现状以及研究情况，并且对此还提出一些看法与建议。正如文章所说，这些 点是以前所不曾有的。 2本文思维严谨，具有怀疑精神 本文吸取了过去种种研究方法的教训，避免因研究方法的错误而得出与事实 背道而驰的答案。因此，本文才选择使用了全面的荟萃分析(comprehensive meta-analysis)了解释这个问题。论文开始，作者就列举出了他们对数据的选择标 准：首先，本文将分析范围限制在“真正”的有机系统中，按照具有认证有机管 理或非认证的有机管理进行定义，其次文章中只包括在时间与空间范围中具有可 比性的研究，最后则是只研究可以估计样本大小和误差的报告。1由于这样苛刻的 整理标准，作者最后筛选出的66项符合标准的数据使得文章的数据基础就可信度
于是，本文采用了一个全面荟萃分析研究有机和常规的相对产量，选择比较 正式且能够令人信服的过去研究成果，在对现有数据的分析处理下，能够较好的 体现农业系统的全局信息，以弥补之前所提到的各项研究的不足。 二 创新点 1 本文具有领先的着眼点，从全球层面上思考问题 本文站在了一个比较高的高度来研究分析有机农业与传统农业的产量问题， 是其最大的亮点。正如文章所提到的，过去的研究可能花费了不少的时间与精力， 但由于错误的思想方法或者是较小的样本容量，导致其结果并不能让人信服，同 时因为有机农业与传统农业的产量受到多方面因素的控制，得到的结论也并不具 有普遍性。 而本文宗旨则与之刚好相反，作者并没有做太多实地的考察或者实验，事实 上，由于农业发展面临问题的紧迫性，在该方面早就积累了十分丰富的数据，而 本文则是对这庞杂的数据进行分析判断以及在作者思想方法下整合处理。就分析 不同的作物为例，本文列举了不同作物类型、植物的类型等的影响，而就作物所 处条件而言，又存在长期研究、优秀管理等因素。其中 最能凸显本文较高着眼点的是，它能够在全球角度下去看待这个问题。因此， 作者不仅在从发达国家的角度出发去看待这个问题，同时顾及到了发展中国家相 关的现状以及研究情况，并且对此还提出一些看法与建议。正如文章所说，这些 点是以前所不曾有的。 2 本文思维严谨，具有怀疑精神 本文吸取了过去种种研究方法的教训，避免因研究方法的错误而得出与事实 背道而驰的答案。因此，本文才选择使用了全面的荟萃分析（comprehensive meta-analysis）了解释这个问题。论文开始，作者就列举出了他们对数据的选择标 准：首先，本文将分析范围限制在“真正”的有机系统中，按照具有认证有机管 理或非认证的有机管理进行定义，其次文章中只包括在时间与空间范围中具有可 比性的研究，最后则是只研究可以估计样本大小和误差的报告。 【1】由于这样苛刻的 整理标准，作者最后筛选出的 66 项符合标准的数据使得文章的数据基础就可信度
极高。而这也是本文严谨思维的第一处体现。 其次，本文对这些数据进行了综合处理，使得每一项研究的误差都无法直接 影响本文结果的可靠性。而且，作者之所以收集各项研究的样本大小与误差的用 意，在所列图表中一展无遗。以表一为例，图中不仅列出了在95%的置信区间内 各个值平均效应的大小。而每组的观测数目则写在括号内。最后用虚线表示出了 累积效应在所有类别中的大小。这些处理一方面使得图表一目了然，而最重要的 则是是结果客观准确。 最后一点，虽然作者在研究中提到由于低廉的投入，更高的价格可以帮助减 轻贫困小农民增收和粮食安全问题，在发展中国家中有机农业已被认为可以改善 农民的生计。然而因为没有一个关于有机与生活系统的比较研究符合本文的选择 标准，作者没有将其运用于荟萃分析中。并且在文章中解释说由于缺乏适当的控 制变量，本研究没有充分的科学证据来支持这个观点，从而不能得出有机农业可 以增加在发展中国家的小农农业的产量。这里同样体现了本文严谨的治学态度。 三读后感 首先，就本文观点而言，我觉得有机农业的发展的确前景广阔。正如作者的 总结，在大量数据的支持下，可以看到有机农业与传统农业相比产量的差距并不 大，而在优质的管理等因素的作用下，这种差距还会进一步缩小，乃至相持。所 以有机农业的产量问题并不值得太过担心。而同时，有机农业的巨大优势却是传 统农业很难相比的。真正意义上的有机农业在可行范围内尽量依靠作物轮作，秸杆， 牲畜粪肥，豆科作物，绿肥，场外有机废料，含有矿旷物养分的岩石和生物防治病虫 害2，相比之下，传统农业广泛使用各种广谱杀虫剂和化学肥料以获得农业的高 产、稳产。而考虑现在我国国情，食品安全已然成为老百姓担忧的大问题，有 机农业的推广与完善在解决这类问题会起到一定作用，同时有机农业不使用人工 合成化肥等产品，对生态环境的保护也大有裨益。结合国内参考资料，推广有机 农业一方面可以实现我国有限资源的持续利用，有效解决环境污染和生态破坏问题， 实现经济、社会和生态效益的协调统一【4；另一方面可以有效提高农产品质量，提 高其市场竞争力和出口剑汇能力，促进农业现代化、产业化、国际化发展进程5。 其中部分好处在这篇论文内也被作者提及。因此，结合国内外的研究资料，我国 应该在推动有机农业上有所作为
极高。而这也是本文严谨思维的第一处体现。 其次，本文对这些数据进行了综合处理，使得每一项研究的误差都无法直接 影响本文结果的可靠性。而且，作者之所以收集各项研究的样本大小与误差的用 意，在所列图表中一展无遗。以表一为例，图中不仅列出了在 95%的置信区间内 各个值平均效应的大小。而每组的观测数目则写在括号内。最后用虚线表示出了 累积效应在所有类别中的大小。这些处理一方面使得图表一目了然，而最重要的 则是是结果客观准确。 最后一点，虽然作者在研究中提到由于低廉的投入，更高的价格可以帮助减 轻贫困小农民增收和粮食安全问题，在发展中国家中有机农业已被认为可以改善 农民的生计。然而因为没有一个关于有机与生活系统的比较研究符合本文的选择 标准，作者没有将其运用于荟萃分析中。并且在文章中解释说由于缺乏适当的控 制变量，本研究没有充分的科学证据来支持这个观点，从而不能得出有机农业可 以增加在发展中国家的小农农业的产量。这里同样体现了本文严谨的治学态度。 三 读后感 首先，就本文观点而言，我觉得有机农业的发展的确前景广阔。正如作者的 总结，在大量数据的支持下，可以看到有机农业与传统农业相比产量的差距并不 大，而在优质的管理等因素的作用下，这种差距还会进一步缩小，乃至相持。所 以有机农业的产量问题并不值得太过担心。而同时，有机农业的巨大优势却是传 统农业很难相比的。真正意义上的有机农业在可行范围内尽量依靠作物轮作, 秸杆, 牲畜粪肥, 豆科作物, 绿肥, 场外有机废料, 含有矿物养分的岩石和生物防治病虫 害 【2】，相比之下，传统农业广泛使用各种广谱杀虫剂和化学肥料以获得农业的高 产、稳产 【3】。而考虑现在我国国情，食品安全已然成为老百姓担忧的大问题，有 机农业的推广与完善在解决这类问题会起到一定作用，同时有机农业不使用人工 合成化肥等产品，对生态环境的保护也大有裨益。结合国内参考资料，推广有机 农业一方面可以实现我国有限资源的持续利用,有效解决环境污染和生态破坏问题, 实现经济、社会和生态效益的协调统一 【4】 ；另一方面可以有效提高农产品质量,提 高其市场竞争力和出口创汇能力,促进农业现代化、产业化、国际化发展进程 【5】。 其中部分好处在这篇论文内也被作者提及。因此，结合国内外的研究资料，我国 应该在推动有机农业上有所作为
而且本文的研究思路对我的启发也很大。本文如果不是因为独特的视角与可 靠的研究方法，仅仅靠总结前人成果而产生的篇文献综述类论文不会在Nature这 样的顶级学术杂志上出现。作者对于数据的分析处理以及总结归纳的能力，给我 留下了很深的印象。能够在如此庞杂的数据中找到有用信息为自己所用，得出属 于自己的结论，提出独特的见解对一名研究者而言是非常重要的。作为一名理工 科学生，我一方面佩服本文的独特性与综合性，同时也在学习这样的思路，希望 在自己的未来发展中能有所帮助。 参考文献 [1]Badgley,C.et al.Organic agriculture and the global food supply.Renew.Agr.Food Syst.22,86-108(2007). 【2】席运官，有机农业与中国传统农业的比较，U.农村生态环境1997,13(1)55-58 【3】常进雄，生物技术进步与生物多样性持续利用的前景，[]自然生态保护， 2001(3:27-29 【4】宗良纲，有机农业：可持续农业发展的典范，小.中国人口·资源与环境 2002,129(3:64-67 【5】高振宁，保护生态环境，发展有机农业.农村生态环境2001,17(2：14
而且本文的研究思路对我的启发也很大。本文如果不是因为独特的视角与可 靠的研究方法，仅仅靠总结前人成果而产生的篇文献综述类论文不会在 Nature 这 样的顶级学术杂志上出现。作者对于数据的分析处理以及总结归纳的能力，给我 留下了很深的印象。能够在如此庞杂的数据中找到有用信息为自己所用，得出属 于自己的结论，提出独特的见解对一名研究者而言是非常重要的。作为一名理工 科学生，我一方面佩服本文的独特性与综合性，同时也在学习这样的思路，希望 在自己的未来发展中能有所帮助。参考文献 【1】Badgley, C. et al. Organic agriculture and the global food supply. Renew. Agr. Food Syst. 22, 86–108 (2007). 【2】席运官，有机农业与中国传统农业的比较，[J].农村生态环境 1997 , 13(1):55 -58 【3】常进雄, 生物技术进步与生物多样性持续利用的前景, [J].自然生态保护, 2001(3):27-29 【4】宗良纲，有机农业:可持续农业发展的典范，[J]. 中国人口·资源与环境 2002,129(3):64-67 【5】高振宁，保护生态环境,发展有机农业[J].农村生态环境 2001,17(2):1～4
