统生物学与信息整合 XXX
系统生物学与信息整合 XXX
■利用蛋白质-蛋白质相互作用的 数据,蛋白质配偶的特性来分 类蛋白质
◼利用蛋白质-蛋白质相互作用的 数据，蛋白质配偶的特性来分 类蛋白质
■对2709种公开发表的酵母菌 Saccharomyces cerevisiae的蛋白质之 间的相互作用进行综合分析,建立了 1538种蛋白质之间的2358种相互作用的 统一的大型网络
◼ 对2709种公开发表的酵母菌 Saccharomyces cerevisiae的蛋白质之 间的相互作用进行综合分析，建立了 1538种蛋白质之间的2358种相互作用的 统一的大型网络
■根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功 能把2709种可能的功能判归给蛋白质。 ■此方法正确地为72%的1393种有不止一 个已知功能的配对者的特征化蛋白质推 测了一个功能种类,也用来推测364种以 前的未特征化的蛋白质的功能
◼ 根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功 能把2709种可能的功能判归给蛋白质。 ◼ 此方法正确地为72%的1393种有不止一 个已知功能的配对者的特征化蛋白质推 测了一个功能种类，也用来推测364种以 前的未特征化的蛋白质的功能
■通过这种方法,网络能准确的推测72% 的至少带有一个特征性配对者的1393种 特征性蛋白质
◼ 通过这种方法，网络能准确的推测72% 的至少带有一个特征性配对者的1393种 特征性蛋白质
表1从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法 ( combined algorithm)预测蛋白质功能的比较 蛋白质从蛋白质相互作用推测 Marcotte等人的推测 YNR053cRNA处理修饰(5/5) 转录细胞组建核组建, RNA接合(515) mRNA转录,mRNA接合(e 3,p:1) BIRI 细胞周期控制2/4) ■CNS1 细胞张力(2/3),蛋白质折叠(2/3)细胞组建核组建(p:33) YGLl61C小泡运输(2/3),细胞膜融合(2/3) YIP3 小泡运输(3/3) YMR322C细胞张力(3/3) YPR105C小泡运输(2/3) AIP2 细胞极性(2/2) 细胞组建,碳水化合物利用 碳水化合物代谢,新陈代谢, 发酵;能量t(e:2,p:4) ■DUO1 有丝分裂(2/4) ■EBS1 碳水化合物新陈代谢(2/5)
蛋白质 从蛋白质相互作用推测 Marcotte等人的推测 ◼ YNR053C RNA处理/修饰(5/5) 转录,细胞组建,核组建, RNA接合(5/5) mRNA转录, mRNA接合 (e: 3, p: 1) ◼ BIR1 细胞周期控制(2/4) - ◼ CNS1 细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3) 细胞组建,核组建(p:33) ◼ YGL161C 小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3) - ◼ YIP3 小泡运输(3/3) - ◼ YMR322C 细胞张力(3/3) - ◼ YPR105C 小泡运输(2/3) - ◼ AIP2 细胞极性(2/2) 细胞组建,碳水化合物利用, 碳水化合物代谢, 新陈代谢, 发酵;能量(e:2,p:4) ◼ DUO1 有丝分裂(2/4) - ◼ EBS1 碳水化合物新陈代谢(2/5) - 表1 从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法 （combined algorithm）预测蛋白质功能的比较
■FPR4 蛋白质合成(2/3) 细胞组建,转录,核组建 (e:1,two:2) GIP2 有丝分裂(2/2) ISAI 蛋白质合成(2/2) 氮硫利用代谢氮硫代谢 2 RDII 细胞极性(2/3) G-蛋白质e:1) SMY2 RNA接合(2/2) 转录细胞组建mRNA接合, 核组建,mRNA转录e:1) YDR100w小泡运输(22)细胞质融合(2/2) YEI015WRNA处理修饰(26) 转录细胞组建mRNA接合 核组建,mRNA转录e:1) YER079W信号传导(2/2 YGL096WRNA处理修饰(2/2)RNA接合(22转录细胞组建mRNA接合 核组建,mRNA转录e:1) YJL019W染色质染色体结构(2/2) YKR030W小泡运输(22) YLR128W细胞极性(2/4)
◼ FPR4 蛋白质合成(2/3) 细胞组建，转录，核组建 (e:1,two:2) ◼ GIP2 有丝分裂(2/2) - ◼ ISA1 蛋白质合成(2/2) 氮硫利用,代谢,氮硫代谢 (p:2) ◼ RDI1 细胞极性(2/3) G-蛋白质(e:1) ◼ SMY2 RNA接合(2/2) 转录;细胞组建, mRNA接合, 核组建，mRNA转录(e:1) ◼ YDR100w 小泡运输(2/2),细胞质融合(2/2) - ◼ YEL015W RNA处理/修饰(2/6) 转录;细胞组建, mRNA接合 核组建, mRNA转录(e: 1) ◼ YER079W 信号传导(2/2) - ◼ YGL096W RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)转录;细胞组建, mRNA接合 核组建, mRNA转录(e: 1) ◼ YJL019W 染色质/染色体结构(2/2) - ◼ YKR030W 小泡运输(2/2) - ◼ YLR128W 细胞极性(2/4) -
■YRI28W细胞极性(2/4 YR269CRNA处理修饰(22,RNA接合(2n2) YLR368W蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(25 细胞周期控制(2/5) YR435W蛋白质合成(22) YLR456WRNA处理/修饰(/4) RNA处理/修饰,mRNA 转录,mRNA处理(e:1) YNL31C氨基酸新陈代谢(22) YPL105CRNA接合(2/2)
◼ YLR128W 细胞极性(2/4) - ◼ YLR269C RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2) - ◼ YLR368W 蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(2/5) - 细胞周期控制(2/5) ◼ YLR435W 蛋白质合成(2/2) - ◼ YLR456W RNA处理/修饰(2/4) RNA处理/修饰, mRNA 转录,mRNA处理(e: 1) ◼ YNL311C 氨基酸新陈代谢(2/2) - ◼ YPL105C RNA接合(2/2) -
■a根据蛋白质相互作用推测仅列出与两个或两个以上的 已知功能的相互作用配偶的蛋白质,括号内的数字 为某一功能的相邻蛋白质数/知功能的相互作用的 配偶蛋白质数。蛋白质相互作用推测根据YPD分类。 ■b有关完整的数据,见附表2。 ■C表中 Marcotte等的推测只包括”高质量推测”,括号 内 指出推测的方法(e为实验证据p为种系发生轮廓 ( phylogenetic profile);两个或以上方法;数字指链 接的数量,具体内容见 Marcotte等[22],相同或相似的 推测用斜体表示。 Mascotte预测用M|PS术语表示
◼ a根据蛋白质相互作用推测仅列出与两个或两个以上的 已知功能的相互作用配偶的蛋白质，括号内的数字 为某一功能的相邻蛋白质数/已知功能的相互作用的 配偶蛋白质数。蛋白质相互作用推测根据YPD分类。 ◼ b有关完整的数据,见附表2。 ◼ c 表中Marcotte等的推测只包括”高质量推测” ,括号 内 指出推测的方法(e为实验证据;p为种系发生轮廓 （phylogenetic profile）;两个或以上方法;数字指链 接的数量, 具体内容见Marcotte等[22], 相同或相似的 推测用斜体表示。Marcotte‘s预测用MIPS术语表示
酵母双杂交技术 Ga4的DB-Ga4的AD]—→报道基因( reporter gene) Ga4的DB-Snfl-nf2-Ga4的AD]→报道基因( (reporter 图 水本水 ”:结合作用,“--”:相互作用,“—一 激 活基因的转录与表达作用
◼ 酵母双杂交技术 [Gal4的DB -- Gal4的AD] —→报道基因(reporter gene) [Gal4的DB -Snf1---Snf2- Gal4的AD]—→报道基因(reporter gene) 图*** “-”：结合作用， “---”：相互作用， “— →”：激 活基因的转录与表达作用