2018版教学大纲 水产与生命学院 (第六分册理论课程) 发育生物系 上海海洋大学水产与生命学院编制 2018年12月
1 2018 版教学大纲 水产与生命学院 （第六分册 理论课程） 发育生物系 上海海洋大学水产与生命学院编制 2018 年 12 月
目录 《鸟类的生态与鉴赏》】 《生物信息学》 《科技论文的写作技法》 《干细胞》 12 《生命的起源与进化》 18 《组织胚胎学》 23 《组织胚胎学》 31 《基因组学》 39 《发育生物学》 .44 《干细胞技术与应用》 51 《精准医学概论》 59 《人工智能》 65 《人工智能》 71 《生物信息学》 78 《鱼类生殖学》 .84 《组织学及组织学实验》 90 《组织与细胞培养》 96 《基因与基因组学》 …104 《营养与疾病》 107 《生命伦理学》 m110 2
2 目 录 《鸟类的生态与鉴赏》.....................................................................................................................................3 《生物信息学》...................................................................................................................................................5 《科技论文的写作技法》................................................................................................................................7 《干细胞》......................................................................................................................................................... 12 《生命的起源与进化》.................................................................................................................................. 18 《组织胚胎学》................................................................................................................................................ 23 《组织胚胎学》................................................................................................................................................ 31 《基因组学》.................................................................................................................................................... 39 《发育生物学》................................................................................................................................................ 44 《干细胞技术与应用》.................................................................................................................................. 51 《精准医学概论》........................................................................................................................................... 59 《人工智能》.................................................................................................................................................... 65 《人工智能》.................................................................................................................................................... 71 《生物信息学》................................................................................................................................................ 78 《鱼类生殖学》................................................................................................................................................ 84 《组织学及组织学实验》............................................................................................................................. 90 《组织与细胞培养》 ...................................................................................................................................... 96 《基因与基因组学》 ....................................................................................................................................104 《营养与疾病》..............................................................................................................................................107 《生命伦理学》..............................................................................................................................................110
(鸟类的生态与鉴赏) 程名称（中文英文）：Ecology and Appreciation of Birds 课程编号：1706394 学分：1 学时：总学时16 学时分配：讲授学时：8野外观察：8 课程负责人：张东升 一、课程简介 类是生态问题的指标性生物。我们中国拥有丰富的鸟类资源，也有很长的对于鸟类的 欣赏历史 本课程是入门级的鸟类生态与导赏课程。通过介绍 一些常见鸟种，让大家了解鸟 类的基础知识，以普及近海以及鸟类的生态知识， 增加同学们的生态文明意识，推动大家的 生态保护理念，提高大家对于生态文明的鉴赏水平，增加对国家的认同感和自豪感。 Birds are sensitive to ecological changes,thus,they are regarded as ecological indicators China has a long history of appreciation of birds,as well as a rich collection of bird species.This course teaches students to learn how to identify some common birds and understand some basic ecological aspects of birds. 2课程目标 2.1:了解鸟类的基础知识 2.2:掌握基本的鸟类辨识要点 2.3:学会认识常见的鸟类，以及他们的生态和习性 2.4:通过对鸟类的学习，了解祖国宝贵的生态资源，提升国家认同感和民族自信。 二、教学内容 教学内容 学时备注 对课程目标的支排度 2 2.2 23 24 鸟类的形态 2 鸟的分类和生态基础 3. 林鸟的分类和形态 水鸟的形态特征 鸟类的迁徒
3 《鸟类的生态与鉴赏》 课程名称（中文/英文）： Ecology and Appreciation of Birds 课程编号：1706394 学分：1 学时：总学时 16 学时分配：讲授学时：8 野外观察：8 课程负责人：张东升 一、课程简介 鸟类是生态问题的指标性生物。我们中国拥有丰富的鸟类资源，也有很长的对于鸟类的 欣赏历史。本课程是入门级的鸟类生态与导赏课程。通过介绍一些常见鸟种，让大家了解鸟 类的基础知识，以普及近海以及鸟类的生态知识，增加同学们的生态文明意识，推动大家的 生态保护理念，提高大家对于生态文明的鉴赏水平，增加对国家的认同感和自豪感。 Birds are sensitive to ecological changes, thus, they are regarded as ecological indicators. China has a long history of appreciation of birds, as well as a rich collection of bird species. This course teaches students to learn how to identify some common birds and understand some basic ecological aspects of birds. 2 课程目标 2.1：了解鸟类的基础知识 2.2：掌握基本的鸟类辨识要点 2.3：学会认识常见的鸟类，以及他们的生态和习性 2.4：通过对鸟类的学习，了解祖国宝贵的生态资源，提升国家认同感和民族自信。 二、教学内容 教学内容 学时 备注 对课程目标的支撑度 2.1 2.2 2.3 2.4 1. 鸟类的形态 2 √ √ √ 2. 鸟的分类和生态基础 2 √ √ √ 3. 林鸟的分类和形态 4. 水鸟的形态特征 2 √ √ √ √ 5. 鸟类的迁徙 2
校园鸟类观察 2 观黎报告1 7. 水鸟观察 2 实验报告2 8 林地鸟类观察 2 实验报告3 三、教学方法 课堂讲授与野外观察相结合。 课堂讲授利用PPT和一些音视频丰富课堂内容。 四、考核与评价方式及标准 平时成绩：60%， 课程论文：40% 五、课程思政素材 序号 课程思政素材 对应教学对课程目标的支排度 章节方法 2.1 222.3 鸟类的形态。通过引入一些描述乌儿的古诗词，比第1讲授 如“两个黄鸣柳，一行白上青天”等等，以及中 音 因画里的各种鸟类形象，提高大家对于鸟的审美情 趣，增加大家的文化认同 我国有鸟类1400多种，临港地区也有408种。河过 第三讲授 展示我国特有的鸟类，让大家认识到我国鸟类生态 章第1 资源的丰高，以及生态保护的重要性，提高大家对 节 于国家的认同，提升公民的责任感。 六、参考教材和阅读书目 1.《中国香港及华南鸟类野外手册》1SBN:9787553954769:作者：尹琏/费嘉伦/林超 英出版社：湖南教育出版社出版年：2017-6 2. 《中国海洋与湿地鸟类》1SBN:9787535796066作者：马志军/陈水华出版社：湖南科学 技术出版社出版年：2018-5 七、本课程与其它课程的联系与分工 无 撰写人：张东升 审核人：范纯新，张宗恩 教学院长：黄旭雄 日期：2018年12月17日
4 6. 校园鸟类观察 2 观察报告 1 √ √ 7. 水鸟观察 2 实验报告 2 √ √ √ 8. 林地鸟类观察 2 实验报告 3 三、 教学方法 课堂讲授与野外观察相结合。课堂讲授利用 PPT 和一些音视频丰富课堂内容。 四、 考核与评价方式及标准 平时成绩： 60%， 课程论文： 40% 五、 课程思政素材 六、参考教材和阅读书目 1. 《中国香港及华南鸟类野外手册》ISBN: 9787553954769; 作者: 尹琏 / 费嘉伦 / 林超 英 出版社: 湖南教育出版社出版年: 2017-6 2. 《中国海洋与湿地鸟类》ISBN: 9787535796066 作者: 马志军 / 陈水华 出版社: 湖南科学 技术出版社出版年: 2018-5 七、 本课程与其它课程的联系与分工： 无 撰写人 ：张东升 审核人：范纯新，张宗恩 教学院长：黄旭雄 日期：2018 年 12 月 17 日 序号 课程思政素材 对 应 章节 教 学 方法 对课程目标的支撑度 2.1 2.2 2.3 1 鸟类的形态。通过引入一些描述鸟儿的古诗词，比 如“两个黄鹂鸣翠柳，一行白鹭上青天”等等，以及中 国画里的各种鸟类形象，提高大家对于鸟的审美情 趣，增加大家的文化认同 第 1 章 讲授 √ √ √ 2 我国有鸟类 1400 多种，临港地区也有 408 种，通过 展示我国特有的鸟类，让大家认识到我国鸟类生态 资源的丰富，以及生态保护的重要性，提高大家对 于国家的认同，提升公民的责任感。 第 三 章第 1 节 讲授 √ √ √
《生物信息学》 课程名称（中文英文）：生物信息学Bionformatics课程编号：1801403 学分：1 学时：总学时16 学时分配：讲授学时：16实验学时：上机学时：0讨论学时：0 课程负责人：张东升 一、课程简介 1.本课程主要介绍生物信息学的基础知识。包括生物数据库，序列比对，进化树的构 建，生物分子的结构预测和功能分析等模块。 uses o n and property n,and phylogenetic tree reconstr 2.课程目标 2.1:通过本课程的学习，让学生初步了解生物信息学的原理和研究方法 2.2:掌握序列数据分析的科学方法，提高学生对于生物信息学的兴趣。 23:通过学习生物信息学，提高学生的科学理论素养，增强民族自信 二、教学内容 教学内容 学时备注 对课程目标的支撑度 21 22 23 第一章：生物信息学数据库 4 作业1 1NCBI的序列数据库及其发展 2 ENSEMBL数据库 3 Uniprot蛋白质数据库 第二章：序列比对 4 作业2 1 BLAST的使用 2 CLUSTAL的使用 MEGA的序列比对 第三章：新一代测序技术 作业3 1新一代测序技术介绍 2序列数据的下游分析
5 《生物信息学》 课程名称（中文/英文）：生物信息学/Bioinformatics 课程编号：1801403 学分：1 学时：总学时 16 学时分配：讲授学时：16 实验学时： 上机学时：0 讨论学时：0 课程负责人：张东升 一、课程简介 1. 本课程主要介绍生物信息学的基础知识。包括生物数据库，序列比对，进化树的构 建，生物分子的结构预测和功能分析等模块。 As a new discipline, bioinformatics is growing very fast; it is becoming a necessary technique in biology labs. This course focuses on practical uses of some important bioinformatics databases and softwares, which includes biological sequence databases, sequence alignment and searching, structure prediction and property characterization, and phylogenetic tree reconstruction. 2. 课程目标： 2.1：通过本课程的学习，让学生初步了解生物信息学的原理和研究方法 2.2：掌握序列数据分析的科学方法，提高学生对于生物信息学的兴趣。 2.3： 通过学习生物信息学，提高学生的科学理论素养，增强民族自信。 二、教学内容 教学内容 学时 备注 对课程目标的支撑度 2.1 2.2 2.3 第一章：生物信息学数据库 1 NCBI 的序列数据库及其发展 2 ENSEMBL 数据库 3 Uniprot 蛋白质数据库 4 作业 1 √ √ √ 第二章：序列比对 1 BLAST 的使用 2 CLUSTAL 的使用 3 MEGA 的序列比对 4 作业 2 √ √ 第三章：新一代测序技术 1 新一代测序技术介绍 2 序列数据的下游分析 4 作业 3 √ √ √
第四章：进化分析 4 作业4 1 通过MEGA进行进化树构建 和评估 三、教学方法 案倒式、研究式、在线学习、翻转课堂、混合式教学。 四、考核与评价方式及标准 平时作业40%，课堂表现10%，期末考试50% 五、课程思政素材 序号课程思政素材 对应教学对课程目标的支撑 章节方法度 2.12.22.3 生物信息学的发展史建立在科学发展的基础第1讲授√ 上。从神创论到达尔文的进化论，再到二十世章第 纪现代生物学的建立，可以让同学们认识到科 2节 学发展的必然性。通过学习生物信总学发展的 历史，了解进化论的产生和发展，加强唯物主 义教有，提高对科学理论如何形成的认识，对 培养同学们的人生观和世界观有很大的帮助。 我国的生物信息学技术发展迅猛，尤其以华大第三 讲授 基因为代表的测序和基因组分析能力，领先全 章第 球。通过了解华大基因参与人类基因组计划， 1节 以及逐渐成为全球领先的基因组研究巨头，可 以帮助同学们树立家国情怀，增强民族自豪感， 并且鼓励同学们奋发图强，努力奋斗，使我们 国家可以屹立于世界民族之林。 六、参考散材和阅读书目 《生物信总学》陈娟编高等教育出版社2014年12月第一版 七、本课程与其课程的联系与分工 需要学生有生物化学或者分子生物学的基础。 撰写人：张东升 审核人：范纯新，张宗恩 教学院长：黄旭雄 日期：2018年11月18日
6 第四章：进化分析 1 通过MEGA进行进化树构建 和评估 4 作业 4 √ √ 三、教学方法 案例式、研究式、在线学习、翻转课堂、混合式教学。 四、考核与评价方式及标准 平时作业 40%，课堂表现 10%， 期末考试 50%。 五、课程思政素材 六、参考教材和阅读书目 《生物信息学》陈娟 编高等教育出版社 2014 年 12 月第一版 七、本课程与其课程的联系与分工 需要学生有生物化学或者分子生物学的基础。 撰写人：张东升 审核人：范纯新，张宗恩 教学院长：黄旭雄 日期：2018 年 11 月 18 日 序号 课程思政素材 对 应 章节 教学 方法 对课程目标的支撑 度 2.1 2.2 2.3 1 生物信息学的发展史建立在科学发展的基础 上。从神创论到达尔文的进化论，再到二十世 纪现代生物学的建立，可以让同学们认识到科 学发展的必然性。通过学习生物信息学发展的 历史，了解进化论的产生和发展，加强唯物主 义教育，提高对科学理论如何形成的认识，对 培养同学们的人生观和世界观有很大的帮助。 第 1 章 第 2 节 讲授 √ √ √ 2 我国的生物信息学技术发展迅猛，尤其以华大 基因为代表的测序和基因组分析能力，领先全 球。通过了解华大基因参与人类基因组计划， 以及逐渐成为全球领先的基因组研究巨头，可 以帮助同学们树立家国情怀，增强民族自豪感， 并且鼓励同学们奋发图强，努力奋斗，使我们 国家可以屹立于世界民族之林。 第 三 章 第 1 节 讲授 √
《(科技论文的写作技法》 课程名称（中文/英文）：科技论文的写作技法（英文Technique on Writing Scientific 课程编号：180802 学 分：1 时：总学时20 学时分配：讲授学时：8：实验学时12 课程负责人：龚小玲钟俊生黄旭雄 、课程简介 1.课程概况 《科技论文的写作技法》是生物科学专业的专业选修课程，主要讲授生物学领域科技论 文（综述和原创性研究论文）的结构及其写作技法，并介绍论文投稿和发表技巧。 通过课程学习，学生可以掌握科技论文的结构，学会遵守学术研究和学术交流的道德规 范，具备撰写生物学科技论文的基本能力。 The course.Technique on Writing Scientific Papers,is the professional elective course for Biology Major.It introduces the structure and writing skills on scientific papers (revi ew and original research paper)on biology,and the steps on submission and publish By the end of this course,students will be able to understand the structure of scienti fic paper and abiding the ethics for academic research and communication.The students al so will have the basic ability to write a biological scientific paper. 2.课程目标 2.1学习、理解并掌握生物学科技论文的组成元素和专业步骤，具备根据提供的资料撰 写生物学科技论文的能力： 2.2理解并培养遵守学术研究和学术交流的道德规范。 课程目标与专业毕业要求的关系矩吗 课程目标1 课程目标2 毕业要求 1.1 1.2 1.3 √ 1.4 1.6 2.1
7 《科技论文的写作技法》 课程名称（中文/英文）：科技论文的写作技法（英文 Technique on Writing Scientific Papers） 课程编号：1808021 学 分：1 学 时：总学时 20 学时分配：讲授学时：8；实验学时 12 课程负责人：龚小玲 钟俊生 黄旭雄 一、 课程简介 1. 课程概况 《科技论文的写作技法》是生物科学专业的专业选修课程，主要讲授生物学领域科技论 文（综述和原创性研究论文）的结构及其写作技法，并介绍论文投稿和发表技巧。 通过课程学习，学生可以掌握科技论文的结构，学会遵守学术研究和学术交流的道德规 范，具备撰写生物学科技论文的基本能力。 The course, Technique on Writing Scientific Papers, is the professional elective course for Biology Major. It introduces the structure and writing skills on scientific papers (revi ew and original research paper) on biology, and the steps on submission and publish. By the end of this course, students will be able to understand the structure of scienti fic paper and abiding the ethics for academic research and communication. The students al so will have the basic ability to write a biological scientific paper. 2. 课程目标 2.1 学习、理解并掌握生物学科技论文的组成元素和专业步骤，具备根据提供的资料撰 写生物学科技论文的能力； 2.2 理解并培养遵守学术研究和学术交流的道德规范。 课程目标与专业毕业要求的关系矩阵 课程目标 1 课程目标 2 毕业要求 1.1 1.2 √ 1.3 √ 1.4 √ 1.6 √ √ 2.1 √ √
2.2 2.3 2.4 2.5 / 2.6 2.7 √ 2.8 / 2.9 2、教学内容 2.1理论教学安排 教学内容 学时 备注 对课程目标的 支排度 2.1 2.2 第一章科技论文的常见结构 完成E0L上布置的 第一节原创性论文的基本结构 第二节综述的基本结构 第三节原创性研究论文的撰写步骤 第二章科技论文图表的编制 完成EOL上布置的作 第三章材料与方法部分的写作 第四章结果部分的写作 第五章引论部分的写作 第一节引论部分的写作目的 第二节引论部分的写作技巧 第三节引论部分的写作注意事頭 第四节引论部分的写作实例分析 第六章讨论部分的写作 完成0L上布置的程 第一节讨论部分的作用 第二节讨论部分写作注意事项 第三节讨论部分写作的困难 第七章摘要部分的写作 完成EOL上布置的作 第一节摘要的作用 第二节摘要的语言特点和要求 第三节摘要的写作实例分析
8 2.2 √ √ 2.3 √ √ 2.4 √ √ 2.5 √ √ 2.6 √ √ 2.7 √ √ 2.8 √ √ 2.9 √ √ 2、教学内容 2.1 理论教学安排 教学内容 学时 备注 对课程目标的 支撑度 2.1 2.2 第一章 科技论文的常见结构 第一节 原创性论文的基本结构 第二节 综述的基本结构 第三节 原创性研究论文的撰写步骤 2 完成 EOL 上布置的作 业 √ √ 第二章 科技论文图表的编制 第三章 材料与方法部分的写作 第四章 结果部分的写作 第五章 引论部分的写作 第一节 引论部分的写作目的 第二节 引论部分的写作技巧 第三节 引论部分的写作注意事项 第四节 引论部分的写作实例分析 2 完成 EOL 上布置的作 业 √ √ 第六章 讨论部分的写作 第一节 讨论部分的作用 第二节 讨论部分写作注意事项 第三节 讨论部分写作的困难 1 完成 EOL 上布置的作 业 √ √ 第七章 摘要部分的写作 第一节 摘要的作用 第二节 摘要的语言特点和要求 第三节 摘要的写作实例分析 1 完成 EOL 上布置的作 业 √ √
第八章论文标题的写作 完成OL上布置的作 第九章参考文献、关键词、署名和致谢 第十章论文写作和发表的学术规范 完成EOL上布置的价 第一节学术研究和学术交流的道德规范 第二节论文投稿策略及发表 2.2实验教学安排 教学内容 学时 备注 对课程目标的 支度 2.1 22 3 作业：递交实验报告 实验1.生物绘图之浮游生物绘图 实验2.生物绘图之鱼卵和仔雅鱼绘图 作业：递交实验报告 实验3.生物绘图之成鱼绘图 作业：递交实验报告 实验4.生物学统计绘图 作业：递交实验报告 三、教学方法 采用理论和实验相结合的教学方式。使用多媒体课件，结合具体的案例和知识点，开展 讨论式教学。教学环节包括理论授课、资料查阅、自学、作业等方式构成。实验部分有4 个实验项目组成。 本课程采用的教学媒体主要有：文字教材（包括主教材和学习指导书）入、PPT课件（包 括主讲老师对全书的系统讲授，还有重要内容的文字提示与电子教学幻灯片)和网上辅导（主 要采用E-MAIL、qq、微信等形式) 四、考核与评价方式及标准 课程考核由平时成绩与期末考试成绩相结合的方式进行。 1.平时成绩占比60%，包括：课后作业(50%)和课堂问答互动(10%)。 2.期末考核占比40%，采用基于原始数据的论文撰写考评，以所撰写论文的质量和规 范性评判期末成绩 成绩比例% 课程目标 平时成绩 期末成绩 合计 课后作业 课堂互动 课程目标1 40 5 75 9
9 第八章 论文标题的写作 第九章 参考文献、关键词、署名和致谢 1 完成 EOL 上布置的作 业 √ √ 第十章 论文写作和发表的学术规范 第一节 学术研究和学术交流的道德规范 第二节 论文投稿策略及发表 1 完成 EOL 上布置的作 业 √ √ 2.2 实验教学安排 教学内容 学时 备注 对课程目标的 支撑度 2.1 2.2 实验 1. 生物绘图之浮游生物绘图 3 作业：递交实验报告 √ √ 实验 2. 生物绘图之鱼卵和仔稚鱼绘图 3 作业：递交实验报告 √ √ 实验 3. 生物绘图之成鱼绘图 3 作业：递交实验报告 √ √ 实验 4. 生物学统计绘图 3 作业：递交实验报告 √ √ 三、教学方法 采用理论和实验相结合的教学方式。使用多媒体课件，结合具体的案例和知识点，开展 讨论式教学。教学环节包括理论授课、资料查阅、自学、作业等方式构成。实验部分有 4 个实验项目组成。 本课程采用的教学媒体主要有：文字教材（包括主教材和学习指导书）、PPT 课件（包 括主讲老师对全书的系统讲授，还有重要内容的文字提示与电子教学幻灯片）和网上辅导（主 要采用 E-MAIL、qq、微信等形式）。 四、考核与评价方式及标准 课程考核由平时成绩与期末考试成绩相结合的方式进行。 1. 平时成绩占比 60%，包括：课后作业（50%）和课堂问答互动（10%）。 2. 期末考核占比 40%，采用基于原始数据的论文撰写考评，以所撰写论文的质量和规 范性评判期末成绩。 课程目标 成绩比例% 平时成绩 期末成绩 合计 课后作业 课堂互动 课程目标 1 40 5 30 75
课程目标2 10 5 10 25 合计 50 100 五、课程思政素材 序号课程思政素材 对应章节 教学方法 对课程目标 的支撑度 2.12.2 从河北科技大学韩春雨撒稿事件 第4章 课堂讲授结合作业文献 引导学生求真务实的严谨学风 查阅 从南京大学梁莹学术不端婴光事 第10章第1节 课堂讲授 件教自学生必须遵守学术道德规 范 大、参考教材和阅读书目 参考教村： 顾飞荣，彭少兵编，《论文撰写与发表》，山东教有出版社，2005年。 阅读书目： 《水产学报》 《水生生物学报》 《Aquaculture and Fisheries》 《Aquaculture》 《ournal of Fish Biology》 (Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 七、本课程与其他课程的联系 该课程是一门以生物学知识为理论基础，理论性和实践性并重的课程。 八、其他 无。 主撰人：龚小玲钟俊生黄旭雄 审核人：华雪铭张宗恩 教学院长：黄旭雄 日期：2018年12月15日
10 课程目标 2 10 5 10 25 合计 50 10 40 100 五、课程思政素材 序号 课程思政素材 对应章节 教学方法 对课程目标 的支撑度 2.1 2.2 1 从河北科技大学韩春雨撤稿事件 引导学生求真务实的严谨学风 第 4 章 课堂讲授结合作业文献 查阅 √ √ 2 从南京大学梁莹学术不端曝光事 件教育学生必须遵守学术道德规 范 第 10 章第 1 节 课堂讲授 √ √ 六、参考教材和阅读书目 参考教材： 顾飞荣，彭少兵编，《论文撰写与发表》，山东教育出版社，2005 年。 阅读书目： 《水产学报》 《水生生物学报》 《Aquaculture and Fisheries》 《Aquaculture》 《Journal of Fish Biology》 《Journal of Experimental Marine Biology and Ecology》 七、本课程与其他课程的联系 该课程是一门以生物学知识为理论基础，理论性和实践性并重的课程。 八、其他 无。 主撰人：龚小玲 钟俊生 黄旭雄 审核人：华雪铭 张宗恩 教学院长：黄旭雄 日 期：2018 年 12 月 15 日