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新冠病例分析
提问 如何快速确认病原体与病毒序列分析。 如何进行大规模检测？ 核酸检测和抗体检测的应用。 病毒的突变位点有哪些？这些突变对病毒的感染能力和检测结果 有什么影响？ 疫苗的种类。 如何进行基因治疗？
如何快速确认病原体与病毒序列分析。 如何进行大规模检测？ 核酸检测和抗体检测的应用。 病毒的突变位点有哪些？这些突变对病毒的感染能力和检测结果 有什么影响？ 疫苗的种类。 如何进行基因治疗？ 提问
QUESTION1 如何快速确认病原体与病毒序列分析。 ■■■■ 第一代测序原理 其基本原理是，聚丙烯酰胺凝胶电泳 能够把长度只差一个核苷酸的单链 DNA分子区分开来。一代测序实验的 起始材料是均一的单链DNA分子。 缺点：测序成本高，通量低
QUESTION1 如何快速确认病原体与病毒序列分析。 第一代测序原理 其基本原理是，聚丙烯酰胺凝胶电泳 能够把长度只差一个核苷酸的单链 DNA分子区分开来。一代测序实验的 起始材料是均一的单链DNA分子。 缺点：测序成本高，通量低
第二代测序方法 ■■■■ 山山山山山山山山山山 基本原理：边合成边测序 宏基因组二代测序的检测流程可以大致 分为5个步骤：核酸提取、文库构建、上 机测序、生物信息学分析与报告解读
第二代测序方法 基本原理：边合成边测序 宏基因组二代测序的检测流程可以大致 分为5个步骤：核酸提取、文库构建、上 机测序、生物信息学分析与报告解读
病毒序列分析 号NCBI Resources回Hew1a回 9mn的NC▣ Gene Gene COVID Search Create RSS Save search Advancod Help Gene sources Tabular20 per page Sort by Relevance Send to: Hide sidobar>> Genomic Filters:Manege Filtors Categories Atematively spiced Results by taxon Annotated genes Non-coding. Top Organisms [Tree] Protein-coding REFERENCE GENOME SEQLENCE Was this holptur? Homo sapiens (110) Sequence content Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)reference genome Chlorocebus s8b8eus2☑ CCDS Mus muscuus() Savere acute respiratory syndrome coronavinus (Host human,vectebrates) Ensemb山 Rattus norvegicus (1 RofSeg ssRNA+) Al other taxa(1) Moro RefSeqGore RetSeq NC_0455122 Status RetSea penome (1) RetSeg Prateins (38)NCBI SARS-Cov.2 resourres √Current Find related data 5 =3 Database Select 型 ORF1ab 3a M 7b 10 h0wd地ponalfkerg ORF1a 7a Search detalls 8 CoviD[All Fielda]AND alive(prop] Download Assembly and annotation statistics Search See more Recent activity
病毒序列分析
基因分类 1.ORF1ab:编码PP1ab和PP1a两种多蛋白，多蛋白可切割成多种非结构蛋白。例如，SARS- CoV-2非结构蛋白负责病毒转录、复制、蛋白酶处理、宿主免疫反应抑制和宿主基因表达 抑制。RNA依赖RNA聚合酶是抗病毒疗法的目标。 2.S:编码表面糖蛋白（结构蛋白，也叫尖峰蛋白）。这种糖蛋白调解病毒粒子的附着和 进入宿主细胞。S蛋白是疫苗开发、抗体疗法和诊断抗原检测的重要靶点。 3.ORF3a:编码一种具有离子通道活性（维罗戈林）的蛋白质，能够激活NLRP3炎症体（炎 性小体的一种，能够识别病原相关分子模式或者宿主来源的危险信号分子，招募和激活促 炎症蛋白酶Caspase--1)。ORF3a也可能在病毒复制和发病机制中发挥作用
基因分类 1.ORF1ab：编码PP1ab和PP1a两种多蛋白，多蛋白可切割成多种非结构蛋白。例如，SARSCoV-2非结构蛋白负责病毒转录、复制、蛋白酶处理、宿主免疫反应抑制和宿主基因表达 抑制。RNA依赖RNA聚合酶是抗病毒疗法的目标。 2.S：编码表面糖蛋白（结构蛋白，也叫尖峰蛋白）。这种糖蛋白调解病毒粒子的附着和 进入宿主细胞。S蛋白是疫苗开发、抗体疗法和诊断抗原检测的重要靶点。 3.ORF3a：编码一种具有离子通道活性（维罗戈林）的蛋白质，能够激活NLRP3炎症体（炎 性小体的一种，能够识别病原相关分子模式或者宿主来源的危险信号分子，招募和激活促 炎症蛋白酶Caspase-1）。ORF3a 也可能在病毒复制和发病机制中发挥作用
4.E:编码包络蛋白，存在于病毒颗粒中。这种蛋白质有助于病毒的组装和释放，并且具有发病机制所 需的离子通道活性。 5.M:编码膜糖蛋白，是一种跨膜糖蛋白，是病毒颗粒中最丰富的结构蛋白，已被推荐为抗病毒药物 靶点。 6.0RF6a:编码0RF6a蛋白，基于它与其他冠状病毒蛋白的相似性，0RF6蛋白被认为在病毒发病机制中 发挥作用。 7.ORF7a:编码0RF7a蛋白，基于它与其他冠状病毒蛋白的相似性，ORF7a蛋白被认为是一种第一型跨 膜蛋白
4.E:编码包络蛋白，存在于病毒颗粒中。这种蛋白质有助于病毒的组装和释放，并且具有发病机制所 需的离子通道活性。 5.M：编码膜糖蛋白，是一种跨膜糖蛋白，是病毒颗粒中最丰富的结构蛋白，已被推荐为抗病毒药物 靶点。 6.ORF6a：编码ORF6a蛋白，基于它与其他冠状病毒蛋白的相似性，ORF6蛋白被认为在病毒发病机制中 发挥作用。 7.ORF7a：编码ORF7a蛋白，基于它与其他冠状病毒蛋白的相似性，ORF7a蛋白被认为是一种第一型跨 膜蛋白
8.ORF7b:编码0RF7b蛋白，基于与其他冠状病毒的相似性，被认为集中在高 尔基体上 9.0RF8:编码蛋白功能未知 10.N:编码核衣壳磷蛋白，是一种结构蛋白，与病毒RNA基因组结合，保护 病毒RNA基因组，并参与将RNA包装成病毒颗粒。N蛋白已被建议作为抗病毒 药物靶点。 11.0RF10:编码功能未知
8.ORF7b：编码ORF7b蛋白，基于与其他冠状病毒的相似性，被认为集中在高 尔基体上 9.ORF8：编码蛋白功能未知 10.N：编码核衣壳磷蛋白，是一种结构蛋白，与病毒RNA基因组结合，保护 病毒RNA基因组，并参与将RNA包装成病毒颗粒。N蛋白已被建议作为抗病毒 药物靶点。 11.ORF10：编码功能未知
序列分析 此前已知10个亚基因组RNA构成病毒颗粒结构。然而，研究小组证实了9个亚基因组RNA 的存在，而剩下的一个亚基因组RNA是无效的。研究人员还发现，由于RNA融合和缺失事件 ,存在数十种未知的亚基因组RNA。“尽管需要进一步研究，但这些分子事件可能导致冠状 病毒相对快速的进化。此外，我们发现病毒RNA有多种未知的化学修饰。目前尚不清楚这些 修改的作用，但有一种可能性是，它们可能有助于病毒避免来自宿主的攻击。” 5000 10000 15000 20000 25000 29903 0 10 2025 26 27 28 29 30 ORF1a ORF1b 3'UTR gRNA i▣ ■■A从 S TRS-L RNA TRS-B TRS-B 3a D E■ 3■ M■ E n 6■ A二AA 6 Modification level (% 7b 7 0 1020304060 80 8 100■
序列分析 此前已知10个亚基因组RNA构成病毒颗粒结构。然而，研究小组证实了9个亚基因组RNA 的存在，而剩下的一个亚基因组RNA是无效的。研究人员还发现，由于RNA融合和缺失事件 ，存在数十种未知的亚基因组RNA。“尽管需要进一步研究，但这些分子事件可能导致冠状 病毒相对快速的进化。此外，我们发现病毒RNA有多种未知的化学修饰。目前尚不清楚这些 修改的作用，但有一种可能性是，它们可能有助于病毒避免来自宿主的攻击
Start of genome 30,000 RNA letters THE SARS-CoV-2 GENOME ORF1ab PROTEIN STRUCTURAL PROTEINS 0 Spike EMN NON-STRUCTURAL ACCESSORY PROTEINS(NSPs) PROTEINS 3 57911 13 15 3a 67b9b 10 4681012 14 16 3b 7a 8 9c